经典的MHC I类分子(MHC I)能够限制性结合抗原多肽,活化细胞毒性T细胞(CTL),诱导机体产生特异性细胞免疫应答,在抵抗微生物感染以及抗肿瘤免疫反应中起着非常重要的作用。迄今为止,关于鸡的MHC I结构和抗原多肽递呈机理的研究很少,而鸡作为重要的养殖家禽,能带来较大的经济效益,因此,需要更多地去探究鸡与疾病的关系。所以,本研究基于前人对鸡MHC的蛋白结构研究,旨在通过生物信息学分析,采用DNAMAN、PyMol软件和相关生物学网站对B2单倍型鸡MHC I分子(BF2*0201)三维结构进行研究,再与B4和B21单倍型鸡的结构进行比较分析,来阐述BF2*0201结合抗原多肽的特性,为未来结晶结构、养禽业中病毒多肽抗原筛选、疫苗设计以及抗病育种提供理论依据。结果显示:1.在BF2*0201中,有三个关键的氨基酸,带正电的Arg9、带负电的Asp24和Asp73,因为这三个氨基酸的存在,使结合槽偏负电性,偏向于结合带有正电荷的氨基酸的多肽。但Arg9和Asp24与Asp73之间的盐键作用的不确定性,给找到结合多肽的规律带来了一定的影响,加上组成多肽结合槽的氨基酸含有很多既有亲水性又有疏水性的Tyr酪基酸,对结合槽也有不确定的影响,因此目前还无法确定B2蛋白结合多肽规律。2.将B2蛋白的4D0D分子和B4蛋白的4E0R分子进行比较分析,发现由于两者结合槽之间的氨基酸差异,导致了两者结合槽的大小和带电性的差异,造成结合多肽上的选择不同。4E0R的长侧链Arg111将4D0D的较长侧链Tyr111替换,使4E0R的结合槽中部明显变得狭窄而结合氨基酸限制性变大;而且由于4E0R的Arg9、Arg80、Arg111和4D0D的Arg9、Asp24、Asp73特异氨基酸的作用,两者之间的多肽和结合槽的作用相差很大,4E0R的结合槽有很强的正电性,极其偏向结合带有负电荷的氨基酸的多肽,这说明在结合多肽的氨基酸种类方面4E0R比4D0D的选择性要低。再将B2蛋白的4CVX分子和B21蛋白的3BEW分子进行比较分析,同样发现两者结合槽之间的氨基酸差异,导致了两者结合槽的大小和带电性的差异,造成结合多肽上的选择不同。不过3BEW的小侧链His111将4CVX的较长侧链Tyr111替换,还有极小氨基酸Ser69和Ser97的作用,使3BEW的结合槽中部明显变得宽大而结合氨基酸限制性变小。而且由于3BEW的Arg9、Asp24、His111和4CVX的Arg9、Asp24、Asp73特异氨基酸的作用,两者之间的多肽和结合槽的作用产生了差异,3BEW偏向结合带有负电荷的氨基酸的多肽,但其中部的宽大空间也能容纳其他氨基酸,相比于B2蛋白的结合槽特性,其可以说明在结合多肽的氨基酸种类方面3BEW比4CVX的选择性高。综上所述,本研究通过对B2蛋白的结构的分析说明了其与抗原多肽结合的特性,并和B4、B21蛋白比较,从结构角度上说明了B2单倍型鸡和马立克氏病之间的中等抗性关系,还推测了BF蛋白家族在膜表面洗脱结果差异产生的原因。