目的:通过对新疆全区新型农村合作医疗(以下简称“新农合”)运行情况的调查研究,综合新农合运行过程中所遇到的问题及取得成果,进一步了解分析分级诊疗工作在新农合制度实施过程中的现况,找出分级诊疗在新农合制度实施中的难点和重点问题,提出因地制宜的政策建议,为全区分级诊疗在新农合制度中持续稳定,健康运行提供参考依据。方法:本研究为描述性研究。收集2010~2014年全区新农合运行的相关数据资料分析参合农牧民在不同级别医疗机构门诊就诊流向和病房住院流向分布;结果:1全区新农合连续五年呈现较好发展趋势。基本上都保持较高的参合水平,2014年达99.78%;2不同级别的医疗机构门诊、住院人次分布不均,近五年总体呈现以乡级医疗机构门诊就诊为主,以县乡两级医疗机构住院为主;3抽样地区参合农牧民去不同级别医疗机构门诊就诊流向以及住院流向均存在差异。结论:全区在2010-2014年期间,通过不断地提高筹资标准,增加政府投资比例;调整、制定合理的起付线、封顶线、补偿标准,逐步完善补偿方案,特别是对经济困难人群给予政策倾斜等方法,逐步提高了新农合政策的公平性;不断提高新农合筹集资金的利用率,提升基层医疗机构服务能力,技术水平;合理配置卫生资源,使新农合医疗越来越完善,农牧民受益率、受益程度越来越大,总体呈现良性发展的态势。但在分级诊疗环节还需要进一步调控次均费用、实际补偿比、资金流向、门诊病人流向、住院病人流向,进一步加强村卫生室和乡镇卫生院的服务能力建设以建立健全完善农牧区分级诊疗体系,为实现农牧民有序就医提供制度保证。