【摘 要】
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目的:利用基于高通量测序的低深度全基因组测序技术(Copy Number Variation sequencing,CNV-seq)对90例发育迟缓的患儿进行遗传学检测和分析,以核型分析结果和相应临床表型作为参考,探讨发育障碍疾病的致病性染色体拷贝数变异(CNVs)和临床表型的相关性,筛选可能致病的候选基因,寻找相对高频的致病性CNVs,明确致病原因。对部分CNV-seq检测结果阴性的患儿进行全外
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目的:利用基于高通量测序的低深度全基因组测序技术(Copy Number Variation sequencing,CNV-seq)对90例发育迟缓的患儿进行遗传学检测和分析,以核型分析结果和相应临床表型作为参考,探讨发育障碍疾病的致病性染色体拷贝数变异(CNVs)和临床表型的相关性,筛选可能致病的候选基因,寻找相对高频的致病性CNVs,明确致病原因。对部分CNV-seq检测结果阴性的患儿进行全外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES),寻找可能的致病位点。探讨发育迟缓患儿的相关遗传学机制,为父母再生育及遗传咨询提供理论指导。方法:收集从2017年到2019年在山西省儿童医院(山西省妇幼保健院)诊断为发育迟缓、并已做过核型分析的患儿的临床资料(包括基本信息,临床表型,遗传学资料等);收集患者外周血进行CNV-seq检测,并对其检测结果进行致病性分析;利用Clin Var、DECIPHER、OMIM、DGV等数据库对CNV-seq检测结果进行注释,依据ACMG评估CNVs的致病性,并通过Pub Med数据库检索相关的报导文献;对部分CNV-seq检测结果阴性的患儿进行全外显子组测序(WES),通过国家人类遗传资源共享服务平台,对结果进行生信分析,结合临床表型,明确患儿变异基因的致病性。结果:检测90例发育迟缓患儿,致病性CNV检出相对高频的是7、8和22号染色体,检测出致病性或可能致病性CNVs 18例,CNV-seq阳性检出率为20%(18/90)。其中ACMG判定致病性,有报导致病性CNVs案例的15例,可能致病CNVs案例3例。CNV-seq阴性结果共72例,其中临床意义未明的CNVs变异(VOUS)有32例,结果正常的CNVs有35例,多态性CNVs有5例。核型分析明确提示发育障碍疾病患者4例,可能与疾病相关者1例,通过CNV-seq全部得以确认。对其中10例CNV-seq检测结果阴性的患儿进行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)检查后,在基因组拷贝数变异(CNVs)结果正常的患儿中,检测到一例KMT2A基因新发无义变异导致的Wiedemann-Steiner综合征。结论:本研究证实了CNVs是导致儿童发育迟缓的重要病因,以及大于1Mb的微缺失/微重复具有更高致病性的特征。致病性CNV检出相对高频的是7、8和22号染色体,且检出的微缺失/重复片段大多已知与发育迟缓疾病密切相关,并筛选出可能致病的候选基因。CNV-seq是诊断该类疾病的一线检测方法,与传统核型分析相比,CNV-seq是一种基于高通量测序的、更高效的基因检测技术,能检测大多数染色体微缺失/微重复所致疾病,并解释相关临床表型。与全外显子组测序(WES)联合应用,对CNV-seq结果阴性患儿检测,能及时发现部分发育障碍相关疾病及其可能致病的基因位点。建立不同基因组CNVs、基因变异与患者表型之间的相关性,能为疾病诊断及再次生育提供遗传学依据。
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