在主体功能区划政策和科学发展观的大背景下，生态补偿机制引起了各方的关注。由于水资源的公共产品特性导致市场失灵，产权不清晰，资源配置不均衡，“搭便车”现象比较严重，以及“有限政府”的政府失灵问题，水源地保护区政府和人民的环境公平权和发展机会平等权受到了一定的限制，“生态不经济”与“经济不生态”行为一直困扰着他们，因此，构建水源地生态补偿机制有助于实现经济与生态的“双赢”，维护饮用水安全。 本文通过资料收集整理、实地考察，意愿调查等手段，在分析苏州市范围内的水源地生态补偿机制构建的重要性及其现状的基础上，运用支付意愿法、机会成本法等方法，以东山镇、金庭镇为例构建水源地生态补偿机制，着重解决了生态补偿机制中的“谁补偿谁”即补偿主客体、“补偿多少”即补偿额度、“怎么补偿”即补偿方式这三个核心问题，并提出了一系列切实可行的对策建议：健全生态补偿相关法律法规；建立生态补偿基金；“输血型”补偿和“造血型”补偿并重；非工程性措施和工程性措施并举、提高水资源费标准以实现资源价值等。