目的:目前我国新生儿疾病筛查主流手段是生化筛查,生化筛查是通过体内代谢指标来进行检测,受多种因素影响,存在漏筛、阳性预测值偏低、筛查病种有限等问题。随着分子生物学的发展,高通量测序技术（Next Generation Sequencing,NGS）可以在分子层面明确病因,为新生儿疾病筛查方法提供了新的途径。本课题采用前瞻性的双盲的研究,通过对基因筛查和传统生化筛查结果进行对比分析,探索现阶段NGS是否能代替生化筛查作为一线筛查手段。方法:1.连续纳入2020年5月12日至2020年9月25日在西北妇女儿童医院医学遗传中心行新生儿筛查的211例表型健康的新生儿,采集足跟血,制成滤纸干血片,同时行生化筛查和基因筛查。其中生化筛查采用时间分辨免疫荧光法和串联质谱技术,检测干血斑中的促甲状腺素、17α-羟孕酮、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶及11种氨基酸、31种酰基肉碱水平;基因筛查采用基于靶向基因捕获的高通量测序技术,设计与遗传代谢病相关的202个基因捕获探针。根据美国医学遗传学和基因组学会指南进行变异致病性判读,对阳性变异位点采用Sanger测序进行验证。最终,对基因筛查阳性、生化筛查阳性的新生儿均转诊至专科门诊进行确诊、治疗、干预和随访。2.根据临床诊断标准,将阳性病例分为确诊和待确诊病例。以临床诊断为金标准,分别评价NGS和生化筛查的检测性能。3.对基因筛查为携带者的突变位点进行统计分析。结果:1.211例新生儿中,生化筛查初筛阳性21例,初筛阳性率9.9%,召回复测阳性7例,复测后阳性率3.3%。基因检测阳性8例,阳性率3.8%,携带者64例（30.3%）,阴性139例（65.9%）。两者结果一致6例,不一致3例。根据临床标准最终确诊5例,分别为先天性甲状腺功能减退症1例、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症1例、21-羟化酶缺乏症1例、高苯丙氨酸血症1例、甲基丙二酸血症1例。待确诊4例,分为疑似高苯丙氨酸血症2例、疑似高蛋氨酸血症1例、疑似先天性甲状腺功能减退症1例。对9例阳性患儿进行随访,以6月龄为随访终点,各患儿临床诊疗方案明确,均生长发育良好。2.以临床诊断为参考标准,将待确诊病例分成三类:将待确诊病例纳入真阳性,生化筛查的灵敏度77.8%、特异度100%、阳性预测值100%。NGS的灵敏度88.9%、特异度100%、阳性预测值100%。将待确诊病例纳入真阴性,生化筛查的灵敏度100%、特异度99%、阳性预测值71.4%。NGS的灵敏度80%、特异度98.1%、阳性预测值50%。将待确诊病例排除,生化筛查的灵敏度100%、特异度100%、阳性预测值100%。NGS的灵敏度80%、特异度100%、阳性预测值100%。3.211例新生儿中,携带者64例,突变位点80个,平均每人携带1.25个变异位点,最高携带3个。携带频率位于前3位的疾病为高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症、希特林蛋白缺乏症。结论:1.生化检测与高通量测序技术各有其优势,现阶段NGS尚不能代替生化筛查作为NBS的一线筛查方法,但可以作为生化筛查的补充诊断方法。对临床意义未明的变异是否应纳入阳性报告还需要进一步评估。2.基因筛查可以发现携带者状况,为本地区遗传代谢病三级预防提供数据支持。