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依据近年流感病毒流行趋势，首先从GenBank下载了H6亚型、H5亚型、H7亚型和H9亚型禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列，利用DNAStar软件进行H6同亚型氨基酸序列保守性分析，找出氨基酸相对保守区域。再将H6与H5，H7和H9不同亚型之间氨基酸同源性进行比较，选择抗原表位时去除H6与H5，H7和H9同源的区域。使用MEGA4.1在HA蛋白氨基酸水平上绘制系统进化树，通过分析HA基因氨基酸序列系统进化关系认为A/goose/Hong Kong/W217/97(H6N9)起源较早，作为本研究的模版毒株。然后借助在线服务器ExPASy和IEDB对序列进行抗原性、亲水性、柔韧性、二级结构和表面可及性预测。结果得到了模版毒株的5个线性抗原表位P1、P2、P3、P4和P5，所选表位长度为15个氨基酸。 为了获得效价和纯度较高的H6亚型AIV的多克隆抗体，本研究先将毒株A/Duck/Guangdong/517/2009(H6N2)进行蔗糖密度梯度离心纯化，将纯化后的病毒液与等体积的弗氏佐剂进行乳化后免疫新西兰大白兔，当血清HI效价达到10log2时，心脏采血收集大白兔所有血液，血清经过蛋白G亲和层析法纯化，纯化后得到效价和纯度均较好的H6阳性血清。 为了研究预测所得表位的免疫原性，本研究将5个表位多肽片段分别插入在pGEX-6P-1载体中进行融合表达，表达得到的5个融合蛋白分别命名为GST-P1，GST-P2，GST-P3，GST-P4和GST-P5。对纯化后的5个融合蛋白进行Western blot分析，发现5个融合蛋白均与H6亚型禽流感病毒阳性血清发生特异性反应。 本研究运用生物信息学方法获得H6亚型禽流感病毒HA蛋白线性表位，并对所选表位进行免疫原性分析。研究结果为HA蛋白结构与功能研究、H6亚型禽流感病毒表位疫苗和ELISA检测方法的建立提供了重要的实验数据。