创新活动离不开其所处的自然和社会环境，并与之共同构筑了一个特殊的、完整的、动态的社会体系——区域创新系统。论文创见性的剖析了创新主体以获取超额收益目标为导向，依托区域的自然资源和社会环境，在政府激励措施的推动下，从事创新活动的动态过程和运行机制。运用系统动力学的理论和方法探究了区域创新效率的影响因素及其作用机理。并依托全国31个省、自治区、直辖市1999～2009年的面板数据资料，采用DEA的Malmquist指数分析法，系统测度和比较了不同条件下，各区域创新效率值的变化情况。得出以下研究结论：（1）针对当前创新活动污染环境并阻滞区域经济发展的悖象，首次提出“创新诅咒”的概念，并对“创新”融入了资源与环境等可持续发展因素的新内涵。为熊彼特经济学意义上的“创新”融入了节能减排的时代主题。（2）将区域创新效率界定为区域创新生态效率。即在创新活动经济有效的基础上，剔除其对区域自然环境带来的负效应后的最终创新成果的反映，是全面、客观评价创新成果的综合效率。（3）根据创新要素的异质性优化了知识型生产函数，并在考虑环境因素的基础上构建了区域创新效率评价指标体系及理论模型。（4）采用DEA的Malmquist指数分析法，测度和比较了考虑环境因素与否的区域创新效率值，结果发现，两种情况下创新效率值差异很大。说明在测度和分析区域创新效率时，有必要充分考虑创新活动的全成本，包括所付出的环境代价。忽略环境污染等非期望产出的区域创新效率测度和评价有失全面、客观。（5）针对创新活动对环境影响的类型提出了严控污染环境的创新项目上马，政府扶持污染企业进行“绿色改造”，建立和完善重污染企业退出机制，加强创新活动全过程环境监控等提高区域创新生态效率的应对举措。