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黑木耳(Auriculαriααuriculα(L.) Underw)是我国主要栽培食用菌之一。近年来,由于生态环境日益恶化和自然灾害的发生,导致野生黑木耳资源逐年减少。因此,对野生黑木耳种质资源进行收集和保藏、遗传背景进行分析和研究,对保护黑木耳种质资源和开展黑木耳育种工作具有理论和现实意义。本研究以我国东北地区8个栽培菌株和33个野生菌株为研究材料,通过表型性状和DNA分子标记技术进行研究,结果如下：1、通过对41个菌株的10个表型性状进行主成分分析表明,耳片长、耳片宽、每袋湿耳重量等3个性状是影响产量的重要因素,是木耳产量育种的重要指标。2、用12对引物扩增的TRAP分子标记技术对41个菌株进行分析表明,供试41个菌株在相似系数为0.58的水平上分为4个类群,其中栽培菌株亲缘关系较近,聚集在第一类群中,35号菌株独自聚为1类,与其它菌株亲缘关系较远。用5对引物PJM1-EM4、PJM2-EM3、PJM2-EM8、YHM-EM3、YHM-EM5可以将供试菌株鉴别开。3、用ITS序列对41个菌株和1个银耳菌株进行遗传多样性分析表明,在99%的支持强度下,银耳菌株单独聚为一个类群,41个木耳菌株分为3个类群。4、用ISSR分子标记技术对41个菌株进行种质资源分析表明,在相似系数为0.64的水平上分为6个类群,其中1、2、4、5号栽培菌株亲缘关系较近,聚在第一类群中；6、7、8号栽培菌株都聚在第四类群中,三者相似系数较大,聚成一个亚群；21号菌株独自聚为1类,与其它菌株亲缘关系较远。利用软件ID Analysis 1.0对结果进行分析建立分子身份证,需要4个引物：P4、P5、P6、P7对供试41个菌株进行鉴别。5、用SRAP分子标记技术对41个菌株进行种质资源分析表明,供试41个菌株在相似系数为0.63的水平上分为5个类群,其中1、2号栽培菌株亲缘关系比较接近,聚在第一大类群中。4、5、6号栽培菌株都聚在第二类群中,三者之间亲缘关系较近。34、35号菌株各自聚为1个类群,与其它菌株亲缘关系较远。利用软件ID Analysis 1.0对结果进行分析建立分子身份证,引物对ME5+EM3和ME6+EM6可以对本试验涉及的41个菌株区分鉴别鉴别。