非编码RNA与甲状腺微小乳头状癌相关性的研究

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zq19900303
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目的:对甲状腺微小乳头状癌、与其邻近的正常癌旁组织中circ RNA、lnc RNA的表达进行分析,挑选出差异表达的circ RNA、lnc RNA,为后续的生物标志物的研究奠定基础;并预测circ RNA、lnc RNA作用的miRNA,分别构建以circ RNA、lnc RNA为中心的circ RNA/miRNA/m RNA、lnc RNA/miRNA/m RNA分子调控网络图,为PTMC可能的发生、发展、浸润侵袭机制提供新的思路。方法:选取5例石蜡病理诊断为甲状腺微小乳头状癌的患者为研究对象,采用高通量测序的方法,检测出癌组织与正常癌旁组织中表达有差异的circ RNA、lnc RNA。GO富集分析,分析差异基因的功能。KEGG pathway富集分析寻找差异表达的信号通路,Target Scan&miRanda靶预测软件分析预测circ RNA、lnc RNA可吸附的miRNA分子,使用cotyscape绘制circ RNA/miRNA/m RNA、lnc RNA/miRNA/m RNA的分子调控网络图。结果:1. 甲状腺微小乳头状癌组织,与邻近的正常癌旁组织中circ RNA、lnc RNA的表达存在明显差异,circ RNA、lnc RNA能够较好的区分甲状腺微小乳头状癌组织与正常癌旁组织。2. 甲状腺微小乳头状癌与正常癌旁组织中差异2倍以上且有统计学意义的circ RNA有589个,其中表达上调的有354个,表达下调的有235个。上调与下调差异最明显的circ RNA分别为hsa-circ-0050581和has-circ-0072107。两组样本中差异2倍以上且具有统计学意义的lnc RNA共有402个,其中表达上调的有103个,表达下调的有299个,上调与下调差异最明显的lnc RNA分别为NONHSAT162365.1和NONHSAT181139.1。3. GO富集分析结果(1)差异表达的circ RNA母源基因的GO富集结果:两组差异的基因在分子功能部分集中在生长因子结合上;在生物过程部分主要集中在参与细胞外结构和细胞外基质组织形成上;在细胞组成部分主要集中在胶原三聚体和基膜上。(2)差异表达的lnc RNA母源基因GO富集分析结果:lnc RNA的cis GO富集分析结果为两组差异的基因在分子功能部分集中在蛋白质复合物支架形成上;在生物过程部分主要集中在参与含酚化合物的代谢过程形成上;在细胞组成部分主要集中在多囊体上。lnc RNA的trans GO富集分析结果为,两组差异的基因在分子功能部分集中在单链RNA分子结合上;在生物过程部分主要集中在自噬的正向调节上;在细胞组成部分主要集中在轴突胞质上。4. KEEG pathway富集分析结果表明,癌组织与正常癌旁组织中共有247条信号通路存在差异,其中具有统计学差异的信号通路共有13条。在TGF-β信号通路中TGF-βR1、TGF-β2、TGF-β3、THBS1、INHBA的表达明显上调,经查阅大量文献及KEEG pathway富集分析结果,选取了TGF-β2进行后续的circ RNA、lnc RNA吸附miRNA预测研究。5. 作用于信号通路TGF-β中的TGF-β2基因的miRNA共有32个,包括has-miR-301a-3p、has-miR-301b-3p、has-miR-3064-5p、has-miR-361-5p等。吸附上述miRNA的circ RNA有77个,其中has-circ-0027663的表达差异倍数最高,为5.63倍。作用于此通路的lnc RNA共有10个,其中NOZHSAT131988.2的表达差异倍数最高,为2.76倍。结论:1.与正常的甲状腺组织相比,甲状腺微小乳头状癌组织中的circ RNA、lnc RNA存在明显的表达失调。2.甲状腺微小乳头状癌中hsa-circ-0050581、lnc RNA-NONHSAT162365.1的上调最明显,分别为9.38、50.72倍。3.has-circ-0027663作为has-miR-5195-3p的海绵分子,可能通过has-circ-0027663/has-miR-5195-3p/TGF-β2途径促进甲状腺微小乳头状癌的发生。4.NOZHSAT131988.2作为has-miR-6504-5p和has-miR-142-3p.1的分子海绵,可能通过NOZHSAT131988.2/has-miR-6504-5p/TGF-β2和NOZHSAT131988.2/has-miR-142-3p.1/TGF-β2两条途径促进甲状腺微小乳头状癌的发生。
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