高校科技活动是我国开展科学技术工作的重要组成部分，研究一种有效的高校科技活动质量评价方法，进行高校科技活动质量评价，对于高校有针对性的改进科技活动质量，提升科技质量水平，在国家分配科技资源过程中获得竞争优势具有重要的现实意义。文章通过文献综述法总结了高等院校科技活动质量评价方法的国内外相关研究，结合我国目前高校科技活动质量评价的现状，对评价方法进行改进；应用层次分析法原理并结合国家关于科技活动质量的各方面文件和相关文献构建高校科技活动质量评价指标体系；对获得的高校科技活动质量评价指标数据进行规范化计算，应用各层级指标得分计算公式对高校的科技活动质量进行总体情况分析与个案指标排序分析；最后应用统计分析方法，对高校科技活动的投入能力与产出能力进行聚类分析，找出每一个类别的共同点并研究不同类别的差异因素，从而探究中国高等院校科技活动质量水平差异产生的原因，这对于定向的改进高校科技质量，提高高校科技质量水平具有现实意义。经过研究与分析，教育部直属院校、“985工程”院校、“211工程”院校与非“211工程”院校的科技质量水平不管是在科技投入方面还是在科技产出等方面都存在较大的差异，并且科技投入水平的高低，对于高等院校科技质量水平高低有着很大的影响。