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本实验旨在将PFGE分型技术引入钩体,建立我国钩体PFGE标准化操作程序,进一步从染色体DNA角度分析钩体分类特征,为遗传学分类奠定基础。
参照目前美国CDC及亚太地区PulseNet提供的其它病原体PFGE标准化操作程序,结合钩体菌株特性,对菌体基因组染色体DNA纯化技术、限制性内切酶消解方案及脉冲场电泳参数进行优化,初步建立了我国钩体脉冲场凝胶电泳标准化操作程序,并对我国15群15型问号钩体标准菌株和16群21型双曲钩体标准菌株进行鉴定分析,获得了高清晰度酶切图谱,各株菌都有独特的带型分布,且结果重复性好,分辨率高,图谱质量达到PulseNet的要求,实验室间具有可比性。
进一步对我国四川、安徽、江西、湖南四省的245株地方分离株进行鉴定分析,并与15群15型标准菌株进行聚类分析,发现我国钩体的黄疸出血群、流感伤寒群、澳洲群、犬群、七日热群带型与其标准菌株带型相似,都具有优势基因型,不同血清群之间带型完全不同,同一血清群内带型差异较小,同一血清型表现出较多带型,但相似性很高。赛罗群内不同血清型之间带型差异较大,但是同一血清型内带型高度相似。秋季群带型最为复杂,与其标准株带型没有相似之处,各带型之间差异较大。其它血清群菌株数量太少,在本研究中未发现相同的结论。本实验所使用的245株分离株中,其中有38株未能鉴定出血清群,通过聚类分析,37株能够判断血清群。
本实验中所有标准菌株原始资料完整,血清学分类可靠,涵盖了我国钩体常见的血清群和血清型,可以作为钩体PFGE数据库中的基础资料,用于我国钩体监测及疫情调查中常见菌株的分子分型鉴定及追踪溯源工作。实验证明,在我国包含菌株数量较多的血清群中,PFGE分类与血清学分类相关性好,PFGE能够反映菌株之间基因水平的微小变异信息,与其他分型技术相结合,可促进钩体遗传学分类的进展。