环境DNA（environmental DNA,eDNA）调查正越来越多地被用于生物多样性的监测,主要因为它们敏感并且能提供高分辨率群落组成数据。环境DNA技术自问世以来,主要应用于水生生物的生物监测、入侵生物学（早期物种检测、被动监视）和生物多样性等。环境DNA对于生物多样性的研究较广泛,在环境DNA宏条形码技术的标准化流程之上,本研究探索了适用于环境中蚌类的环境DNA通用引物。将环境DNA宏条形码技术应用到鄱阳湖蚌类多样性的研究中,且与传统方法进行比较,验证了其有效性和可行性。并将该技术应用到鱼类生物多样性的研究中,为鄱阳湖蚌类和鱼类资源科学管理和高效保护提供理论基础和依据。本研究的测序量,每个样本约10万reads。本研究的结果如下:1.筛选适合于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物,结果表明:使用引物16S r RNA340*共注释到蚌科物种6属8种,蚌科物种序列占总序列数的26.69%;而使用引物cyt b*共注释到蚌科物种4属6种,蚌科物种序列占总序列数的6.60%。引物16S rRNA340*更适合用于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物。之后将16SPP147和16SP300引物应用于水样中蚌类多样性研究,并与传统方法进行比较,结果表明16SPP147引物检测到的物种更多,覆盖了传统方法检测到7种蚌,且检测到少见种-角月丽蚌,濒危种龙骨蛏蚌。2.本研究建立环境DNA宏条形码蚌类数据库,采集的蚌类样本经形态学鉴定后,进行线粒体基因组测序,以及从NCBI上下载蚌类序列,共得到53条条形码序列,其中16条M型,37条F型。包括35种蚌类1种河蚬。3.用“16SPP147”引物,来探究环境DNA宏条形码技术在鄱阳湖中检测蚌类多样性的可行性和有效性。本研究探究鄱阳湖（通江水道、主湖区、军山湖和青岚湖）的蚌类的多样性,同时在相同样点用传统方法进行蚌类采集,以便进行比较。结果证明环境DNA宏条形码技术,覆盖了传统方法鉴定到的蚌类。4.通过环境DNA宏条形码标准化分析流程,从鄱阳湖7种生境（长江干流江西段、通江水道、鄱阳湖主湖区、南矶山自然保护区、军山湖、青岚湖和沙湖）的40个采样点共检测出14科52种鱼类。鲤科是鱼类的主要类群。湖泊定居型鱼类在所有生境中占比最高,河海洄游型鱼类最少。杂食性鱼类在所有生境中占比最高,碎屑食性鱼类最少。各栖息水层的鱼类占比类似。小型鱼类占绝对优势,中型鱼类最少,与传统鱼类资源调查研究结果一致。Alpha多样性分析显示军山湖的多样性指数都较高,表明军山湖水质状况良好,物种多样性高。Beta多样性分析表明鄱阳湖青岚湖生境与其他六种生境的生物群落结构存在较大差异,这也说明了子湖与主湖之间有种群阻隔。环境因子关联分析表明,水温和酸碱度对鄱阳湖鱼类群落具有显著的正相关关系。5.对环境DNA采样方式进行了探讨,比较环境DNA水样与泥样检测鱼类多样性的差异。结果表明,泥样中检测到的鱼类物种数最多（18种）,水样与泥样共同检测到8种鱼类。Alpha多样性分析和Beta多样性分析说明两种方法在鱼类群落结构上有较大差异,泥样采样更方便快捷,且比水样鉴定的鱼类物种数多。