世界经济全球化的进程正在加快,科学技术日新月异,世界经济发展的实践证明,国家间的竞争、市场竞争的关键就是创新能力的竞争,因此高新技术企业已成为推动一个国家、地区的经济快速发展、技术进步、政治稳定、国际分工与竞争的主要力量,是一个国家或地区技术实力、技术优势的标志。我国高新技术企业发展缓慢,一方面原因是起步晚经验不足,另一方面是由于地区经济发展不平衡受到资金瓶颈限制的原因。本文采用规范分析与实证分析相结合的研究方法,紧紧围绕东西部高新技术企业融资方式差异的这条线索,针对我国东西部高新技术企业收益的差距问题,运用资本结构理论中的优序融资理论、信号理论等,及有效资本市场理论和公司治理理论,结合实证分析,认为造成这一差距的原因是不同地区的融资环境、融资制度导致融资方式的不同,可以通过西部借鉴东部高新技术产业发展中的一些优点,改善西部高新技术企业的融资环境,从而提高我国整个高新技术企业的发展水平。并以沪深两市的东西部高新技术企业为样本,通过描述性统计分析、回归分析来实证检验资本结构即融资方式与企业绩效的相关程度,即高新技术企业负债融资与企业绩效正相关,其程度在东部地区强于西部地区；高新技术企业留存收益融资与企业绩效正相关,其程度在东部地区强于西部地区；高新技术企业股权融资与企业绩效负相关,其程度在东部地区强于西部地区；高新技术企业财政融资与企业绩效负相关,其程度在东部地区强于西部地区,得出的结论是：假设1、2、4均得到实证结果的支持,假设3没有被实证支持。再在实证分析基础上对高新技术企业融资方式选择进行了影响因素分析。文章最后提出改善我国西部地区高新技术企业融资环境的政策建议,并提出本文研究存在的局限性以及今后有关该领域的进一步研究方向。