《1844年经济学哲学手稿》的文本内容可以分为三部分，它们分别是经济学、历史哲学和思辨哲学，其主题是历史哲学。在这个主题上，《手稿》的总问题是：找到私有财产的本质，再由此基点扩展出社会历史发展变化的本质。政治经济学的内容作为材料，思辨哲学的内容作为世界观背景和方法论指导，共同为主题的论证服务。但是这两者又都蕴含着脱离主题的离心力，原因是马克思主体论述的方法和逻辑不能容纳这两个方面。《手稿》的方法呈现出一种自我反差的的状态。《手稿》主体叙述部分的方法是费尔巴哈人本主义方法与马克思自发的经验主义方法的结合，黑格尔的辩证法被内化。内化的结果是马克思对黑格尔辩证法的疏离，具体表现在以下四个方面：第一，辩证法不需要前提预设，因为它是从总体出发的，但对于异化逻辑而言，前提预设是必须的；第二，辩证法的任何一个范畴都是从范畴总体和范畴的相互关系中说明的，异化逻辑的前提则是由经验和直觉说明的；第三，辩证法通过概念来解释历史，异化逻辑通过人的活动来解释历史；第四，辩证法以自身作为归宿，异化逻辑以人作为归宿。在《手稿》的纯粹方法论辨析部分，马克思试图通过对黑格尔辩证法的批判发现新的哲学方法。但马克思对黑格尔辩证法的批判与批判对象之间存在着强烈的不对等性，具体表现在以下三个方面：第一，黑格尔辩证法的基本逻辑是首先肯定世界总体，然后再否定个体，而马克思的批判没有涉及这个层面；第二，辩证法所讲的绝对精神的本体意义是从思维与存在的同一性的层面上来说的，而马克思对之的否定却是从生存论的意义上来说的；第三，辩证法的目的是哲学自身，而马克思的批判却把哲学当成了工具。这种不对等性的原因在于马克思相对于黑格尔哲学观的变化，即由用概念来还原世界总体改变为摒弃思维游戏，回归现实，发现现实的本质以图改变现实。同时，马克思的方法也呈现出一种不稳定的彷徨状态，具体表现为马克思一方面对黑格尔辩证法否定之否定规律的认同，另一方面对其矛盾规律的背离。异化逻辑是马克思关于历史哲学的主体叙述，他以此来解释历史的本质。这个逻辑直接来源于费尔巴哈，但不同的是马克思是从否定形式出发来规定肯定形式和否定形式被扬弃的状态；这个逻辑间接来源于黑格尔，不同的是马克思是在经验和直观中来构建这个逻辑的，并且将这个逻辑当成自身唯一真实的本质。马克思首先由历史的否定形式追溯肯定形式，追述的结果是马克思形成了对人的概念，其内容是人的类本质、实践和人的对象化存在。这也成为《手稿》主体叙述的逻辑起点。其次，马克思试图由历史的否定形式揭示这种否定形式的积极的扬弃方式，但马克思的揭示存在着较为严重的逻辑缺失。这个缺失具体表现为没有说明历史的否定形式被扬弃的必然性和具体方式。