目的：本研究选取隔药灸脐法和针刺三阴交治疗原发性痛经，通过对患者治疗前后的血、尿样本进行代谢组学分析，推导相关代谢通路，阐释隔药灸脐法和针刺三阴交治疗原发性痛经的代谢机制，并探明隔药灸脐法与针刺三阴交治疗原发性痛经疗效差异的代谢组学机理。方法：选取20例原发性痛经患者，随机分为两组，每组10例。通过检测患者治疗前后血液、尿液等代谢产物谱，寻找潜在的生物标记物，推导隔药灸脐法和针刺三阴交起效的相关代谢通路。结果：隔药灸脐法与针刺三阴交均可通过降低孕酮、多巴胺、去甲肾上腺素含量、升高γ-氨基丁酸含量来缓解痛经，前者起效的途径更多；另外，隔药灸脐法可通过升高前列腺素E2、组胺、阿片肽含量来缓解痛经，针刺三阴交则通过升高二十碳五烯酸、降低5-羟色胺含量来缓解痛经。结论：隔药灸脐法与针刺三阴交均通过调整与改善患者体内神经与内分泌代谢状况来减轻痛经及其伴随症状，前者对代谢物质和途径的影响较后者更为广泛。隔药灸脐法还涉及神经-内分泌-免疫网络。