本文在全国大范围开展土地流转的背景下，在中央明确允许农民以转包、出租、互换、转让、股份合作等形式流转土地承包经营权的基础上，通过典型案例与理论分析相结合的方法，分析探讨了现行农村土地股份合作社的运行机制在促进农地流转方面的优势及缺陷，并进行相关制度构建，提出合理化的建议。鉴于农地股份合作社兼容了股份制和合作制的因素，本文首先将其与股份制企业、合作社以及土地入股公司进行了比较，在此基础上明确界定了农地股份合作社的性质为企业法人，但要将其与一般的企业法人区别开来，在财政支持和税收方面给予优惠。同时将五种常见的流转模式进行比较分析，得出了农地股份合作社在促进农地流转方面的优势。在对农地股份合作社的产生背景和发展历程进行梳理的基础上，以国内广东南海土地股份合作社、江苏上林村土地股份合作社、常熟市李袁村土地股份合作社等土地股份合作社为例，结合日本在土地入股方面的经验，和菲律宾在土地入股方面的教训，提出了我国开展农地股份合作社探索所具有的经济意义、社会意义和生态意义，并对其适应性进行了研究，认为农村存在大量的剩余劳动力、土地撂荒现象严重，政府比较重视、合作社的发展有可以依托的优势产业，工业化、城镇化水平相对较高是我国发展农地股份合作社的前提条件。而本文的重点在于结合相关的案例，对农地股份合作社的运行机制进行分析。在相关产权理论、治理机制理论和收益分配原则的指导下，结合现有农地股份合作社的产权结构和股权设置，组织结构和治理机制，收益分配政策，分析其现有产权结构、治理机制和收益分配政策在促进农地流转方面存在的问题，并进行了有效的运行机制构建，希望能促进农地股份合作社更加完善的运行和长效机制的建立。经过上述理论和案例分析，得到了本文的主要研究结论，并提出了相应的政策建议，主要包括：一是应该有引导的逐步推进发展，二是要及早确立农地股份合作社的性质和法律地位，三是要给予合作社适当的财政支持和税收优惠，四是要加大农村人力资源建设和人才培养，五是要与金融部门联合，加大信贷资金的支持。