【摘 要】
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与大白猪等欧洲猪品种相比,香猪表现出良好的抗腹泻、抗蓝耳病病等特性,推测与香猪免疫相关基因拥有特殊的遗传变异有关。本文从香猪的全基因组重测序数据中,筛选出与香猪CD（cluster of differentiation）分子相关的遗传变异位点,以香猪和大白猪为研究对象,比较CD基因变异的发生频率、对基因表达的影响。主要结果如下:1、从重测序的数据中,筛选出CD2,CD274,CD3E,CD44,C
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与大白猪等欧洲猪品种相比,香猪表现出良好的抗腹泻、抗蓝耳病病等特性,推测与香猪免疫相关基因拥有特殊的遗传变异有关。本文从香猪的全基因组重测序数据中,筛选出与香猪CD（cluster of differentiation）分子相关的遗传变异位点,以香猪和大白猪为研究对象,比较CD基因变异的发生频率、对基因表达的影响。主要结果如下:1、从重测序的数据中,筛选出CD2,CD274,CD3E,CD44,CDR2,CD8B,CD247,CD53,CD163,CD9,CD2AP,CD38,CD36,CD96,CD47,CD226,CD14共17个CDs基因中存在63个变异位点,包括40个SNPs、23个SVs;40个SNPs变异均位于CD2基因中,有32个SNPs在CDS区,18个SNPs的存在会导致氨基酸发生替换;在23个结构变异中,有18个SVs在CD基因的内含子中,2个SVs存在于CD基因的5’侧翼区内,3个SVs存在于CD基因3’侧翼区内。这些SV区域中,从17个SV区域内检测到重复元件（TEs）,这些TEs包括HAL1NES（HAL1/L1/LINE）和SINEs（Pre0＿SS/t RNA-Glu/SINEs）元件;影响16个CDs基因的结构,对这个17个CDs基因进行GO（gene ontology）功能富集和KEGG通路分析,发现这些CD基因主要涉及到T细胞活化（GO:0042110）、病毒入侵宿主细胞（GO:0046718）、先天性免疫应答（GO:0045087）等与免疫调节相关的GO条目与AMPK信号通路（ssc04152）、原发性免疫缺陷（ssc05340）、沙门氏菌感染（ssc05132）等KEGG通路上。2、以香猪基因组DNA为模板,在变异的上下游设计特异性引物,建立了21个SVs的PCR检测技术,具备良好的特异性和重复性。3、采用建立的21个特异性检测方法,以80头香猪为小群体,与60头大白猪群体相比较,对21个SVs进行基因频率分布检测,结果发现,在基因型分布上,有16个SVs有多态性变化,其中,11个SVs的基因型在两个群体中分布存在差异（P<0.05）,香猪12个SVs的D等位基因频率分布明显高于大白猪（P<0.05）;这12个SVs可能与香猪、大白猪两个群体之间抗病力差异有关。4、通过RT-qPCR与蛋白印迹（western blot）技术,研究CD14、CD36两个基因中的SVs对基因表达的影响,结果发现,DD型的mRNA表达量与蛋白灰度值高于II与ID基因型,表明SVs内的SINE元件可能抑制CD14、CD36基因和蛋白的表达。综上所述,本文从全基因水平上筛选出17个CD基因存在63个变异,包括40个SNPs与23个SVs;经群体分析,有18个SNPs会导致氨基酸发生替换,12个SVs在香猪中的D等位基因频率分布明显高于大白猪（P<0.05）;证明了2个SVs改变了CD14、CD36两个基因的表达,CD14与CD36均参与病原体的识别、清除等免疫学过程,可能与香猪抗病性强有关。因此,本文检测到的CDs基因变异可作为抗病选育的候选分子标记。
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