1919年,留美学生群体已经将美式大学模式传播到中国,在东南地区办学取得显著成就的南京高等师范学校筹备改立为国立大学,在校长郭秉文和以江苏省教育会为代表的地方教育势力的共同努力下,国立东南大学的筹备得以顺利完成,东南大学成为中国第二所国立大学。在学校组织系统的设置中,为了能让这些为学校筹备做出卓越贡献的人得以继续发挥作用,同时借鉴了美国的“董事会治校”模式,东南大学决定设置“校董会”作为学校治理的重要环节,这一设计也获得了教育部的认可。初期按照教育部核准的《校董会简章》,校董会负责“协助学校之进行,保管私人捐赠之财产”,不过1921年校董会开始运作后,校董们对于《校董会简章》所确定的权力并不满足,在他们的要求下,校董会权力迅速扩张,他们实际上已经获得了校长推举。学校重大事项决策和学校预算审批等重要权力,并于1923年借学校组织改革之际废除了评议会制度,成为了合法的学校最高权力机关。校董会运作早期,的确为学校的初创和发展做出了卓越贡献,但是随着时间的流逝和政局的变化,其引发的争议也不断出现。1923年郭秉文主导了学校组织机构改革,其核心内容是废除了原来的校内权力机关评议会,将其职权转移给董事会,此事当时并未产生波澜,但“易长风潮”中却成为校董会被抨击的重要原因。1924年东南大学因经费困难需要削减开支,校董会决议裁撤学校的工科以缓解经费困难。虽然工科师生强烈反对,但在校董会的坚持下当年夏天裁撤工科的工作得以完成。1925年1月教育部突然免去郭秉文校长职务,东南大学易长风潮爆发,校董会虽然坚定站在约校长郭秉文一边,这个立场与校内大多数师生是一致的,但是在少数教授的运作下,教育部下令解散东南大学校董会,恢复评议会。被解散后的校董会虽继续开会运作,但对其批评之声已经不绝于耳,1926年东南大学在组织大纲的重新修订当中不再载明“校董会”的内容,校董会彻底退出学校舞台。东南大学短暂的校董会实践在中国近代公立大学的历史上绝无仅有,其失败也发人深思。校董会设计的初衷不仅仅是实践郭秉文从美国带来的美式大学办学模式,而且可以利用校董会制度让地方实力派能够继续为东南大学的发展发挥作用,虽然早期其运行状况尚可,但校董会从设计上就存在着两个无法克服的矛盾,一是校董会过大的权力与教育当局之间存在的矛盾,二是主要由校外人士构成的校董会在掌握最高权力后会与校内教师之间发生矛盾。当大学与国家、校内教师与校外校董关系良好时,这些矛盾并未显露苗头,但随着政局和校内形势发生的变化,尤其是“易长风潮”的发生使各种矛盾集中爆发,最终引发了激烈的对抗,这次绝无仅有的公立大学“校董会治校”实践也只能无果而终。这次实践也可以说明,东南大学校董会是在特殊政治局面之下的产物,其中蕴含的学校与教育当局的权力矛盾也注定了公立大学“校董会治校”制度无法在中国国情下继续存在下去。