近年来,我国区域创新取得了很大成就,有效推进了我国创新型国家建设,促进了区域经济社会的发展。但依然存在这样或那样的问题,这些问题直接或间接的影响着我国区域创新的快速、健康、可持续发展。在这些问题中,区域创新同构是其中比较突出的问题之一,但目前理论界还缺乏深入的探讨。因此,研究我国区域创新同构问题具有重要的现实意义和理论意义。本文借鉴产业同构及相关理论,采用定性分析和定量分析相结合的方法,选取高新区和高技术产业作为分析样本,从区域创新活动和区域创新成果两个方面,分别实证分析了我国区域创新同构问题的存在。在分析区域创新活动同构时,定性分析了我国主要国家高新区的主导产业同构;在分析区域创新成果同构时,选取高技术新产品产值(1997—2006)作为样本参数,采用相似系数法和结构差异度法,定量分析了我国区域创新成果同构的存在,但结果显示,趋同趋势不明显。在实证分析了我国区域创新同构存在的基础上,进一步深入分析了我国区域创新同构问题的成因,并简要论述了其不利影响。区域创新同构问题最根本的成因在于区域创新战略规划的差异化不够,或者没有根据各区域的个性特征规划本区域的创新,在此前提下,本文提出区域创新比较优势战略,旨在规避区域创新同构,并从理论层面和实践层面对区域创新比较优势战略的科学性的进行了论证。最后,提出了相应的政策建议。