日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）,又名日本对虾，是国内外主要海水养殖对虾品种之一，具有较强抗病力，受到养殖业者的青睐。然而目前日本囊对虾的基因组序列信息还比较匮乏，分子遗传基础也很薄弱，遗传育种工作也属于起步阶段，进而影响到与之相关的功能基因的开发和分子育种的实践。因此，本研究拟利用新一代高通量Illumina测序技术，对日本囊对虾早期胚胎（原肠胚时期）进行转录组测序，通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类，发掘与生长、繁殖、代谢和抗病等相关性状的候选基因，从而为后续研究对虾功能基因和分子育种实践提供有价值信息。同时，利用RT-PCR技术，对日本囊对虾转录因子Mj-POU3进行基因克隆和特异性表达分析，并构建真核表达载体pcDNA3.1-Ptctp-POU3，为进一步探究其在细胞中的表达和作用奠定了基础。应用Illumina高通量测序技术，对日本囊对虾早期胚胎进行转录组测序获得如下结果：（1）共获得108，320，302条高质量序列，通过序列拼接得到67183个转录本（Transcripts）和46661个单基因簇（Unigenes），Transcripts和Unigenes的平均长度分别为1216bp和910bp。对日本囊对虾拼接得到的Unigenes与NT、NR、SwissProt和PFAM等公共数据库比对，通过GO注释结果对基因进行分类，通过KEGG注释来揭示基因间的联系及其参与的体内生化代谢网络。（2）已从注释的基因中鉴别出52个调控日本囊对虾早期胚胎发育的生长因子及其受体，找到了MAPK和TGF-β信号通路中与生长相关的11个基因；找到大量与生长、发育、繁殖、免疫等生产相关的候选基因，为后续开展功能基因研究和分子育种实践提供有价值的信息。Mj-POU3是转录因子POU基因家族的重要成员，可与DNA结合并在生物个体发育的各个阶段发挥重要的调控作用。本文利用RT-PCR技术成功克隆得到日本囊对虾POU3基因的完整编码区，全长1194bp，编码397个氨基酸。蛋白质功能域分析表明，Mj-POU3含有两个保守的功能域POU-S（特异性结构域）和POU-H（同源结构域）。氨基酸序列比对发现，该基因与无脊椎动物的同源性达到62%以上，与脊椎动物的同源性也达到55%左右，说明Mj-POU3氨基酸序列十分保守。相较于脊椎动物，与无脊椎动物的同源性更高。本文以日本囊对虾的基因组DNA为模板，扩增得到同样长度（1194bp）的Mj-POU3基因，经测序检测得知是同一条序列，这表明日本囊对虾POU3基因没有内含子。本文利用半定量PCR技术分析了日本囊对虾POU3基因在胚胎、肌肉和卵巢中的表达情况，发现Mj-POU3在卵巢中表达量最高，在胚胎中的表达量次之，在肌肉中则完全没有表达。所以推测Mj-POU3可能参与对虾卵母细胞的发生以及早期胚胎发育多能性的维持。