翡翠贻贝(Perna viridis L)是生活在热带、亚热带沿海的附着型贝类，主要分布于太平洋和印度洋沿岸，在我国主要分布在东海南部及南海。它的繁殖能力强生长速度快，给当地物种种质资源带来不同程度的影响，引起了许多学者的关注。本实验以我国广东汕尾、湛江，广西北海三个自然种群翡翠贻贝为研究对象，应用RAPD、ISSR和同功酶技术，结合形态学特征，对翡翠贻贝三个种群的遗传多样性进行了较系统的比较研究，结果表明： (一)贝壳形态学特征方面： (1)壳长：北海种群分布范围较大(54.32～124.42mm)，平均81.62mm；湛江群和汕尾种群则相对集中，湛江种群平均71.36mm；汕尾种群平均84.33mm。方差分析结果只有北海种群和汕尾种群之间差异不显著。(2)壳高：三个种群主要分布区间为30～40mm，方差分析和多重比较显示三个种群间差异不显著。(3)壳宽：北海种群和湛江种群主要分布区间为15～25mm(分别为77％和96.87％)；汕尾种群主要分布区间为20～30mm，(94％)。差异显著性检验显示，北海种群和汕尾种群差异不显著，湛江种群和另外两个种群之间差异显著。(4)韧带长：主要分布区间为35～45mm，北海种群出现率只有48％；湛江和汕尾种群分别为89.58％和80％。北海种群和汕尾种群差异不显著，湛江种群和汕尾种群差异显著，和北海种群差异极显著。(5)总重：北海种群主要分布区间20～40g(50％)；湛江种群主要分布区间为20～30g(57％)，汕尾种群主要分布区间为35～45g(50％)。方差分析结果显示北海种群和汕尾种群差异不显著。(6)壳重：主要分布区间为lO～20g，北海种群出现率为56％，湛江种群出现率86.562％，汕尾种群出现率92％。方差分析和差异显著性检验结果显示，北海种群和汕尾种群之间差异不显著，而湛江种群和这两个种群比较差异极显著。 以壳长为变量，其他形态学特征都随壳长增长而呈线性增长。决定系数和形态学参数变异系数方差分析结果显示三个种群间相似度湛江种群和汕尾种群差异最小，北海种群和汕尾种群差异最大。 (二)RAPD分子标记检测： 共筛选140个随机引物，99个引物呈阳性反应，应用11种引物扩增，扩增片段长度在237～2154bp范围内，平均每个引物扩增7.05个位点。通过统计分析表明：三个种群间多态位点比例北海(64.96％)>湛江(64.09％)>汕尾(63.12％)；遗传多样性指数北海(0.1901±0.0834)>湛江(0.1851±0.0825)>汕尾(0.1748±0.0822)；种群问地遗传距离GD<,BS>(0.0116)>GD<,zB>(0.0110)>GD<,ZS>(0.0059)。三个种群整体遗传多样性为：0.1886±0.0816。 (三)ISSR分子标记检测： ISSR分子标记检测到比RAPD更高的遗传多样性。筛选100个常用引物，有54个引物呈阳性反应，10个引物分别以52℃和55℃两个退火温度扩增，扩增片段长度在218～2482bp范围内，平均每个引物在每一个个体扩增出7.53个位点。多态位点比例湛江(79.10％)>北海(77.61％)>汕尾(76.87％)。遗传多样性指数北海(0.2534±0.0411)>汕尾(0.2462±0.0629)>湛江(0.2457±0.0444)；种群间的遗传距离GD<,BS>(0.0479)>GD<,ZS>(0.0294)>GD<,zB>(0.0279)。三个种群整体遗传多样性为：0.2657±0.0421。 (四)同工酶检测显示： 用聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳检测了消化腺组织的10种同工酶。在所分析的6种同工酶(ME、ALP、G6PDH、SDH、MDH、LDH)共9个座位具有多态性，多态位点的比例三个种群均为33.3％。群体总体多态位点75％。本实验的结果表明LKH-2为北海种群特有位点，为纯合子；MKH-3在北海种群可以检测到一个特征性位点，为纯合子。G6PDH-2为湛江种群特有位点，为纯合子：ME-2在北海和湛江种群为纯合子，汕尾种群呈杂合子。统计结果表明基因分化系数北海种群和汕尾种群(0.0884)大于北海种群和湛江种群(0.0865)，湛江种群和汕尾种群间最小(0.0772)。三个种群间的遗传距离分别为GD<,RS>(0.2045)>GD<,ZP>。