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本研究基于沙蒿转录组数据开发大量SSR,统计分析了其分布特征,并利用筛选的SSR引物首次对白沙蒿(Artemisia sphaerocephala)与乌丹蒿(A.wudanica)不同地理种群的遗传多样性、遗传分化以及种间关系进行了研究,旨在为该两种植物的利用与保护、蒿属植物的SSR应用理论数据资料。主要研究结果如下:1.基于干旱胁迫的白沙蒿转录组开发的SSR中(对1kb以上的20149条Unigene搜索),共识别到了5692个SSR位点,发生频率为22.95%,平均每6.66kb出现一个位点;而基于种间关系的白沙蒿转录组(在全部79183条Unigene中搜索),共识别到了12338个SSR位点,发生频率为13.02%,平均每4.38kb出现一个位点;乌丹蒿转录组的73453条Unigene中,共检测出12157个SSR位点,发生频率为13.83%,平均每4.37kb出现一个位点;两种沙蒿转录组中数量位于前三位的核苷酸重复类型完全一致,为单核苷酸、三核苷酸、二核苷酸;出现最多的重复单元也都是A/T、其次为AC/GT。2.利用18对SSR引物研究了白沙蒿5个种群的遗传多样性与遗传分化,共检测到80个等位基因和139种基因型,平均每个引物有4个等位基因、8种基因型。物种水平上的多态信息含量PIC、Shannon多样性指数(I)与预期杂合度(He)分别为0.42、1.2808和0.4687,表明白沙蒿具有较高的遗传多样性。种群间遗传分化系数Fst=0.0841,说明白沙蒿主要的遗传变异(91.59%)发生种群内。基因流Nm=2.7213>1,表明白沙蒿种群之间存在着广泛的基因交流。由Shannon指数计算的遗传分化(Hsp–Hpop)/Hsp为0.1416,该结果高于Fst分析的遗传分化。白沙蒿种群间遗传一致度较高,在0.8955~0.9584之间,遗传距离较小,在0.0425~0.1104之间,也表明种群的分化小。5个种群的聚类分析结果显示,来自锡林郭勒的灰腾河(HTH)种群和西乌旗(XWQ)种群首先被聚到一起,毛乌素沙地的榆林(YL)种群和乌兰镇(WLZ)种群再构成另一支,乌海(WH)种群则独自构成一个分支,各种群间的Mantel检验结果表明,其遗传距离与地理距离无显著相关。3.乌丹蒿3个种群的遗传分化研究采用了17对SSR引物,结果共检测出70个等位基因和99种基因型。物种水平上的多态信息含量PIC、Shannon多样性指数(I)与预期杂合度(He)分别为0.33、1.0183和0.3628。种群间的遗传分化系数Fst=0.17733,即82.67%的遗传变异发生在种群内。Shannon指数估算种群间的遗传分化(Hsp–Hpop)/Hsp为0.1862,与Fst结果非常接近。基因流Nm=1.1928>1,乌丹蒿种群间同样也存在着一定的基因交流。由于乌丹蒿地理距离靠近,3个种群间的遗传一致度很高,在0.9126~0.9378之间,且遗传距离与地理距离没有显著的相关性。4.关于白沙蒿与乌丹蒿物种间的亲缘关系研究结果表明,种间遗传一致度(0.3068~0.4612)与遗传距离(0.7740~1.1815)明显高于各种内种群间的值,同时聚类分析结果显示,8个种群被分成两大支,同一物种的各种群聚在一起,表明种间亲缘关系较远。