区域农村经济发展的不平衡已经成为我国解决“三农”问题、全面建设小康社会的关键,而农村合作金融已经成为农村金融体系的主力军。因此,研究我国农村合作金融的区域差异具有重要的理论和现实意义。本文首先对东、中、西部农村合作金融结构、规模和效率进行全面深入的分析。在此基础上,选取1998-2008年数据,建立农村合作金融发展水平与农民收入增长关系的面板数据模型进行实证分析。结果显示：我国农村合作金融支农力度不断弱化,资金外流严重；乡镇企业融资难的问题依然普遍存在；东、中部地区农民收入增长与农村合作金融发展水平存在长期均衡的关系,而西部地区并不存在这种关系；农村合作金融由于产权不明确、治理机构不健全、管理体系不科学等问题,对农村经济的发展、农民收入的增长产生了一定的抑制作用。为此,本文提出了加强区域农村合作金融协调发展的对策建议：在发达地区建立股份制模式,完善法人治理结构,建立现代的金融企业制度和管理制度；在欠发达地区实行股份合作制改革,积极向现代股份制银行推进；在落后地区继续完善合作制,推进“三位一体”的管理模式,改善服务方式,提升服务水平,并加大政策扶持力度。