本文运用了区域创新系统理论、区域经济合作理论，采用了归纳、比较、引用等方法，以区域创新系统合作为线索贯穿全文，重点比较了珠三角与香港两个区域创新系统的发展与合作现状，尤其是应用大量数据对两个创新系统的制造业发展进行了全面比较，得出了比较客观真实的结论。本文首先对区域创新系统的基础理论、国内外学者研究现状进行了梳理和分析。其次提出了区域创新系统合作对区域创新的影响，并提出了区域创新系统合作的动力机制、模式、阶段以及影响区域创新系统合作的因素。然后对比分析了珠三角和香港的产业结构演变，指出珠三角制造业正处于升级阶段，对中、高端生产性服务需求量大，香港的制造业空心化问题严重，服务业急需向高端服务业环节升级。接下来本文比较了制造业发展的现状，并提出了珠三角制造业的优势在于石油、化工、汽车、机械装备等重工业以及电气设备、机械设备制造、电子信息、生物技术等高新技术行业，香港的制造业以纺织服装为代表的传统制造业为主。为了清晰地展示珠三角与香港区域创新系统的合作，本文还将珠三角与香港的合作模式演变划分了三个阶段。最后本文指出了影响珠三角与香港区域创新系统合作的因素并提出了政策建议。通过上述研究思路，本文得出结论：珠三角与香港区域创新系统合作不仅有利于香港重建制造业，增大香港经济发展的安全系数，而且能够加快创新在珠三角与香港的扩散速度，使珠三角的制造业升级加速。