昼夜节律紊乱严重影响人类身体健康,同时畜牧业生产过程中,昼夜节律紊乱会影响动物的正常生长和相关疾病的发生。昼夜节律受光周期控制,研究不同光周期对动物的影响,有助于发现昼夜节律引发的人类疾病。本研究使用斑马鱼作为研究对象,将4月龄斑马鱼分别养殖于正常昼夜交替环境和全黑暗环境下20d,解剖分离肝脏,进行转录组测序分析,提取肠道内容物进行微生物菌群测序分析,研究昼夜节律紊乱对肠道微生物和肝脏基因表达的影响。结果显示,经20d养殖后,Dark组(全黑暗)游泳距离显著(P<0.05)低于对照组;肠道微生物菌群测序发现不同光制环境肠道优势菌群发生变化,有害菌丰度增加;Dark组各菌群丰度、分布和数量与对照组均有差异,特别是肠道中拟杆菌门(Bacteroidetes)与厚壁菌门(Firmicutes)比例显著降低;肝脏的Cry1a、Per2、Per1a、gpx3和gg1b基因表达差异显著(P<0.05),且基因功能主要与糖类和脂类代谢和免疫力相关。结果表明,昼夜节律紊乱会造成斑马鱼肠道微生物菌群结构变化,益生菌减少,有害菌增多,消化功能降低。值得注意的是肝脏的代谢功能降低影响了肠道菌群稳态,并且肠道菌群紊乱也进一步增加肝脏患病风险。本试验旨在对昼夜节律紊乱影响肝脏代谢产物和肠道微生物的机理做出初步的探索,为生产实践提供合理光周期指导意见,优化养殖模式,提高自然资源利用率。