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中华鳖是我国淡水名特养殖对象,具有较高的经济价值。在其养殖业发展过程中因缺乏有效的品种选育,不同地理群体无序流动及国外群体的引入,导致当前中华鳖种质混杂,有关中华鳖遗传基础研究薄弱,遗传育种工作才刚刚起步。本研究利用高通量测序技术对雌雄中华鳖进行转录组测序,通过序列的拼接和注释,发掘与生长、性别等主要经济性状相关的候选基因,为中华鳖功能基因研究和分子育种工作提供有价值的信息。从转录组测序获得的Unigenes中筛选并验证了微卫星(SSR)标记,结合扩增片段长度多态性(AFLP)标记分析了中华鳖四个主要养殖群体的遗传多样性,并利用RT-PCR技术,对中华鳖生长激素受体(GHR)和生长激素诱导跨膜转运蛋白(GHITM)基因进行了基因克隆和表达分析。为中华鳖遗传分析、遗传连锁图谱构建及生长相关QTLs等工作提供了有力工具。主要结果如下：1.研究不同生长阶段中华鳖形态特征差异及雌雄中华鳖体重与形态特征差异,采用相关分析计算了形态特征与体重的关系,通径分析计算表型特征对体重的通径系数、决定系数,探讨各形态特征的对体重的影响程度。100日龄中华鳖腹甲长对体重影响最大,300日龄中华鳖体高对体重影响最大,两个阶段雌雄中华鳖体重、背甲长、腹甲长及体高均有显著差异。对100日龄雌雄中华鳖体重直接影响最大的性状分别为背甲长、腹甲长；对300日龄雌雄中华鳖体重直接影响最大的性状均为背甲长。2.通过转录组测序技术,在雌雄中华鳖中分别获得了24765075和26707540条reads,分别对应5.0和5.4 Gb核苷酸,共组装成85781条Unigene,平均长度899bp。基于NT、Swiss-Prot、GO、KEGG、Nr、COG、TrEMBL数据库,用Blastx比对获得25380条注释Unigenes。用DGE方法分析,共检测到2445个差异表达基因,分布在193个信号通路中。在Cytokine-cytokine receptor interaction信号通路中,DGE数量最多,有39个基因,其中包括TGF-ββ基因。从注释基因中鉴定了生长相关GH/IGF轴上相关基因,并找到了与生长相关的信号通路和性别相关基因,包括TGF信号通路、MAP K信号通路等。本试验中,中华鳖转录组测序结果对后续功能基因研究和分子育种实践具有重要的意义。3.从中华鳖454转录组测序得到的Unigenes序列中共搜索到7278个SSR位点,包括单核苷酸重复4900个,二核苷酸重复1398个,三核苷酸重复1004个。选取60条Unigenes设计引物,并在四个群体共40个样品中进行验证,获得了17对具有多态性的引物,扩增得到65个等位基因。选取12对引物在四个养殖群体共84个个体进行多态性检验,有效等位基因数为1.71-2.92,观测杂合度为0.14-0.39,期望杂合度为0.28-0.50,多态信息含量为0.24-0.46。利用AFLP技术对中华鳖四个养殖群体共84个个体进行了遗传多样性分析,用5对引物共扩增得到372条清晰带谱,其中117条具有多态性,每对引物组合扩增位点在69-90。四个群体的多态位点比例为14.33%～48.35%。群体Nei’s多样性指数为0.032-0.107,Shannon多样性指数为0.050～0.161。SSR和AFLP分析表明,台湾鳖种群遗传多样性指数最高,日本鳖遗传多样性指数最低。4.利用PCR技术获得了中华鳖(GHR和GHITM基因cDNA序列,其中GHRcDNA为2000bp,开放阅读框为1698bp,编码566个氨基酸。GHR编码蛋白由信号肽、胞外区、跨膜区和胞内区组成,胞外区有2个保守的Box,胞内区有一个保守的FGEFS motif。GHITM cDNA序列长度为2537 bp,开放阅读框为1050 bp,编码350个氨基酸。GHITM编码氨基酸序列由胞外区、跨膜区和胞内区组成,在膜内有一个BI-2家族蛋白功能区,由四个跨膜域组成。实时荧光定量检测表明GHR和HITM基因在中华鳖肝脏和肌肉组织中的表达较高,同时在300日龄阶段表达高于100日龄阶段,雄性个体高于雌性个体。