土壤中抗生素产生菌的基因筛选方法建立

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从抗生素进入临床50多年来,抗生素筛选取得了巨大成就,挽救了无数人的生命。从微生物中寻找新抗生素是目前抗生素的主要来源。然而传统新抗生素筛选方法工作量大、周期长,寻找新物质越来越难。目前,许多抗生素生物合成途径化学结构与目的基因相互关系研究透彻,为本研究奠定了基础。本论文首次建立了从土壤中直接提取纯化DNA,利用特异引物进行PCR扩增的方法快速定向抗生素的筛选方法。本研究课题建立了5种从土壤中直接提取DNA的方法:改进的Zhou法、改进的Bathe法、PVP法、改进的Marc法、液氮冷冻法;建立了3种土壤DNA纯化方法:SephadexG-75/PVPP溶液法、胶回收试剂盒法、PVPP柱层析法。经过比较,最终确立了液氮冷冻法和PVPP柱层析法作为简单快速从提取纯化土壤原核微生物基因组DNA的方法。纯化后每克土壤可提取21.27-41.68μg DNA。掺菌实验验证了筛选方法的灵敏性。掺菌实验将掺入灭菌土壤中的菌株N02Z507平板计数,液氮冷冻法和PVPP柱层析法提取纯化后PCR扩增。每克土壤可以检测到103个菌。证明了本研究的提取纯化方法具有较高的灵敏度。利用SSCP方法验证了筛选方法的灵敏性和多样性。将10株菌提取的DNA为模板的PCR产物与10株菌掺入到灭菌土壤中再提取、纯化DNA为模板的PCR产物做SSCP,二者的聚丙烯酰胺凝胶电泳条带相似,无明显差别。说明提取纯化土壤DNA的方法得到的DNA的多样性较好,可将不同菌的DNA从土壤中提取纯化出来。利用整个筛选过程的模拟实验进一步验证了筛选方法的可行性。在对整个筛选过程的模拟实验中分别在土壤中掺入了除莠霉素产生菌N02Z507和格尔德霉素产生菌N06Z821,从土壤中提取纯化DNA作为模板均可用特异引物PCR扩增证明为阳性。而且从掺菌的土壤中可以分离菌得到了N02Z507和N06Z821。随机掺入阳性菌株的土样的筛选实验将无标记的7份土壤样品中的1份掺入N02Z507,筛选得到了1个阳性结果。以上数据表明了本研究建立的筛选方法是灵敏、可行的。
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