人参属（Panax L.）是五加科中的一个重要类群,包含约12个物种,其中人参（Panax ginseng C.A.Meyer）和西洋参（Panax quinquefolius L.）是名贵的药用植物,具有悠久的栽培历史。近年来,随着市场需求不断增加,栽培规模迅速扩增,不同产地之间出现引种交流频繁现象,以及栽培方式和环境因素的差异,导致人参和西洋参的种质混杂,药材品质参差不齐。种质资源是育种工作的物质基础,种质资源的优劣决定了人参和西洋参的产量及品质的高低,对于研究人参和西洋参的引种栽培、优势种选育和资源保护具有重要意义。本研究采用SSR分子标记技术,对不同产区、不同果色的人参和不同产区的西洋参进行了遗传多样性分析,选择了一套适合人参和西洋参的引物,用于种质资源研究,并对不同品种的人参及不同产区的西洋参的种质资源进行分析。本研究首先利用核基因和叶绿体基因组数据对人参属物种进行了系统发育研究,明确了人参和西洋参的姐妹群关系。随后对人参进行了浅层测序,并筛选出180对引物,从中选出适合人参种质资源研究的15对多态性好的SSR引物。对不同果色的人参品种进行遗传多样性分析表明,红果人参遗传多样性较高。NJ聚类分析表明红果人参和黄果人参存在明显的种质混杂,粉果人参单独聚为一支,种质资源较为纯化。Structure结果表明粉果人参中单一基因型的比例较高,红果人参和黄果人参居群内基因型丰富,存在明显的种质混杂。AMOVA分析揭示了人参的遗传变异主要发生在居群内个体间,发生在居群间的较少,居群间均质化明显。粉果人参可能蕴藏着稀有基因型,是优质、高产、多抗等新品种选育以及品种遗传改良的基因来源,也是种质资源可持续开发利用的物质基础。对不同果色的人参品种进行LC-MS分析,比较不同种质人参的代谢产物,PCA结果表明,粉果人参聚集在一起,其他种质人参不严格聚集在一起。OPLS-DA分析结果表明,各种质人参样品间点均被成功分为两大类,与PCA分析结果相一致,表明各组内样本差异较小而组间差异较大。结合PCA和OPLS-DA分析结果,分组比较分别筛选出91、96、73及58个差异代谢物。各组的代谢物成分含量存在一定差异。进一步对粉果人参进行特征差异代谢物筛选,发现21个特征差异代谢物,其中脯氨酸;L-脯氨酸,L-鸟氨酸,L-精氨酸呈现一致下调趋势,核黄素和大麻酚呈现一致上调趋势,说明部分种质存在特征性差异代谢物,可作为潜在指标性成分。针对不同产区的西洋参种质,本研究筛选出了7对多态性好的SSR引物,统计实验数据,分析其遗传多样性与遗传分化。研究结果表明,不同产区的西洋参居群间存在明显的均质化和种质混杂,AMOVA的结果显示西洋参的遗传变异99%的发生在居群内个体间,居群间几乎没有遗传分化。NJ聚类的结果,每一个西洋参群体并没有聚集成一个单支。Structure分析表明,西洋参品种间和居群间的基因型相同,比例相似。综上表明,在栽培西洋参居群间中,均质化和种质混杂现象明显存在。栽培西洋参的这种遗传结构可能与人工选育的时间不够充分有关,需要进一步品种提纯。