龋病是危害口腔健康最常见的疾病之一。龋病的四联因素学说认为细菌、食物、宿主、时间均是龋病发生的必要条件，细菌则是其中最重要的一个因素。随着学者们对龋病微生物的不断深入研究，在口腔中检出的700多中微生物中，有一半以上是目前不可培养的微生物，因此对龋病的研究仍任重而道远。近年来，以16S rDNA基因为基础的分子生物学技术，尤其是高通量测序，在微生物群落分析中的广泛应用，使得我们能够进一步地认识龋病牙菌斑的微生物多样性。目的：本研究以高龋儿童、无龋儿童为研究对象，利用基于16S rDNA V1-V2区PCR扩增的454技术的GS FLX Titanium测序系统，从门、纲、目、科、属、种（OTU）对6个儿童的牙菌斑微生物进行宏基因组分析，探讨乳牙龋病牙菌斑的微生物多样性，从而为乳牙龋病的病因学研究和防治提供新的方向。方法：选取符合WHO取样标准的3名高龋儿童和3名无龋儿童，每个高龋儿童取唇颊侧、舌侧和病损区菌斑3份，每个无龋儿童取唇颊侧和舌侧2份，提取基因组DNA，行16S rDNA V1-V2区PCR扩增并构建文库，将样本送公司进行测序。所得序列进行一系列处理后利用RDP分类器进行分类，UCLUST软件评估微生物多样性，使用Alpha多样性分析、Beta多样性分析、Metastats分析等进行统计分析。结果：（1）15份样本共检出5261个种水平上的OTUs，归属于9个门，16个纲，22个目，38个科，59个属。（2）高龋组与无龋组比较差异具有统计学意义（P0.05）的5个菌属是链球菌属（Streptococcus）、Filifactor、Solobacterium、栖热菌属（Thermus）、Brevibacillus。（3）唇颊侧组、舌侧组以及病损区组三组之间比较差异具有统计学意义（P0.05）的5个菌属是链球菌属（Streptococcus）、丙酸杆菌属（Propionibacterium）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、纤毛菌属（Leptotrichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）。（4）高龋与无龋的15个样本中，有11个菌属在所有菌斑样本中都能检出并且占到约95%的菌斑序列，有126个OTUs在15个样本中均能检出。结论：（1）454焦磷酸测序用于分析龋病牙菌斑微生物的多样性获得了较为丰富的生物信息。（2）牙菌斑微生物的检出率在高龋和无龋儿童中存在差异，除了变异链球菌外，乳牙龋病还可能是其他细菌作用的结果。