土地承包经营权是农民享有的重要的财产性权利,其承担着增加农民收益和保障农民生存的双重职能。故在土地承包经营权从集体的土地所有权中分离的初期,国家政策和法律法规均对该权利的流转进行了严格的限制。但是随着农民收入多元化的实现,土地承包经营权的生存保障功能减弱。国家逐渐放松对土地承包经营权流转的限制,特别是《土地管理法》的修改,以及《农村土地承包法》、 《土地承包经营权流转管理办法》等一系列法律法规的制定为土地承包经营权的流转消除了法律障碍。为深化农地制度改革,党的十七届三中全会明确提出要建立健全土地承包经营权流转市场。随即,重庆、成都、武汉、鄂州等地均建立了土地承包经营权流转市场,实现了土地承包经营权的市场化流转。但是,在土地承包经营权的入市流转过程中,与其相关的纠纷呈现快速增长的趋势,而现有的和解、调解、仲裁、诉讼等纠纷解决方式却对纠纷的解决较为乏力。这在一定程度上阻碍了土地承包经营权的规模化流转以及农地制度改革的进一步深入,因此,本文拟在对土地承包经营权入市流转纠纷及其纠纷解决机制的现状进行梳理的基础上,对现有的纠纷解决机制存在的问题进行反思,进而提出完善建议。本文共分四个部分：第一部分是土地承包经营权入市流转纠纷的现状。本部分首先对土地承包经营权入市流转纠纷的含义进行了廓清。其次,文章将引发土地承包经营权入市流转纠纷的原因归纳为政策原因、法律原因、实践原因三大类。再次,笔者认为土地承包经营权入市流转纠纷类型可划分为土地权属纠纷、强迫流转纠纷、确权登记纠纷、流转合同纠纷、流转主体资格纠纷及征地补偿款分配纠纷等六种类型。第二部分是土地承包经营权入市流转纠纷解决机制的类型。本部分对现有的土地承包经营权入市流转纠纷解决机制进行了梳理,并认为现有纠纷解决途径主要包括和解、调解、仲裁和诉讼四种类型。经分析认为,和解这一解决途径主要体现当事人意思自治,法律较少对其进行规制,故在后文中不再对其进行赘述。第三部分是土地承包经营权入市流转纠纷解决机制的反思。本部分对现行土地承包经营权入市流转纠纷解决机制存在的问题进行了反思。并认为调解存在行政干预过强、程序不规范的问题；仲裁存在行政性过浓、举证责任划分不科学的弊端；诉讼则存在成本过高、民众信任度低的缺点。这些问题都严重阻碍了土地承包经营权入市流转纠纷的解决。第四部分是土地承包经营权入市流转纠纷解决机制的完善。本部分针对土地承包经营权入市流转纠纷解决机制存在的问题提出了合理化的完善建议,即将调解过程规范化、去行政化；仲裁程序的启动应着重考虑双方当事人意愿；应整顿司法大环境、节约诉讼成本。