鸽圆环病毒（Pigeon circovirus,PiCV）属于圆环病毒科,圆环病毒属。病毒含有两个主要的开放阅读框,分别编码核衣壳蛋白（Capsid protein,Cap）和复制相关蛋白（Replication associated protein,Rep）。单纯的PiCV感染几乎没有临床症状,但能引起严重的免疫抑制,导致机体对病毒、细菌、真菌和寄生虫等各种病原体的免疫应答不足,进而引起严重的继发性感染,并表现出相应的临床症状。由继发感染导致的死亡率可高达100%,这为我国鸽子的健康养殖带来了巨大的威胁。近年来,国内赛鸽运动正处于蓬勃发展阶段,但对于其疾病的相关研究还不丰富,尤其是在PiCV的流行和遗传进化情况方面还处于空白阶段。本文拟从PiCV的分子流行病学调查、全基因组克隆测序及遗传变异等方面进行研究,同时建立可视化的环介导等温扩增（Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP）检测方法。具体研究内容如下:1.中国部分省份赛鸽中PiCV的感染情况本研究旨在调查中国部分地区赛鸽群体的PiCV感染与流行情况。2016到2019年间,从北京,陕西和河北等11个省的39个赛鸽公棚分别随机采集无临床症状的赛鸽血清样品（571份）和表现一定临床症状（包括:飞行能力差、精神沉郁、呼吸困难、呕吐、腹泻、羽毛蓬乱或表现出神经症状,甚至突然死亡）的赛鸽组织样品（51份）共622份。并采用本试验建立的PCR方法进行检测。结果显示被调查的无任何临床症状的赛鸽和患病赛鸽均存在PiCV的感染,阳性率分别为18.6%和27.4%;总阳性率为19.3%。其中,病毒携带或隐性感染可能会成为赛鸽健康养殖的一大隐患,应引起足够的重视。2.鸽圆环病毒全基因组的序列分析本试验共获得了67条PiCV全基因组序列。通过与NCBI公布的参考序列比较分析可知,国内赛鸽中流行的PiCV基因组具有高度多样性,主要体现在:（1）国内赛鸽中流行的PiCV毒株之间的同源性低于国内外的其他流行株。（2）在Cap蛋白C末端和N末端各发现了一个正选择位点,以及共计28个新的氨基酸突变。（3）本试验通过序列比对发现,ATT与GTG也可能作为Cap蛋白的起始密码子,并推测不同的起始密码子起始Cap蛋白翻译的效率不同。本部分研究有助于了解PiCV的变异情况,为将来研发有效的基于Cap蛋白的亚单位疫苗以及对该病毒的深入研究提供参考资料。3.国内赛鸽群体PiCV流行株的重组及遗传进化分析以Gen Bank数据库及本试验鉴定的PiCV全基因组序列为研究对象,应用RDP4、Simplot和MEGA 5.0软件对重组事件进行分析和验证。结果发现我国赛鸽中流行的PiCV毒株共存在10个重组事件,共包含23个重组毒株,占流行株的34.3%;大小亲本可能来自于国内的肉鸽、波兰和日本的赛鸽或美国的野鸽。遗传进化分析显示,所有PiCV毒株形成了8个分支,我国赛鸽中流行的PiCV在其中的7个分支均有分布,并且与世界各地的流行株均存在同源性较高的序列;此外,还出现了同一个公棚的流行株分布在不同的遗传进化分支的情况。本部分研究反映了国内流行株在遗传进化关系上的复杂性,预示了防控的难度;也反映了基因重组是PiCV进化的主要动力之一;更重要的是,提示我国的赛鸽的养殖应做好竞翔,引种和集鸽时的生物安全工作,防止病毒的广泛传播。4.可视化LAMP检测方法的建立将本试验获得的毒株序列和所有参考序列进行比对。选择保守区进行LAMP引物的设计。同时为了减少检测过程中气溶胶的污染,本试验在LAMP反应体系中按比例加入了钙黄绿素和氯化锰,建立了可视化的LAMP检测方法,68℃,50 min即可完成检测。反应后可根据反应液的颜色判定结果:阳性为亮绿色,阴性为橙黄色。该方法检测限度可以达到10 copies/μL。其灵敏度高,重复性好,与鸽群常见其他疾病均无交叉反应。本部分研究为开发有实用价值的PiCV的检测试剂盒提供了参考。本研究明确了PiCV在我国部分地区赛鸽中的流行情况、流行株的序列信息、重组情况和遗传进化关系,为该疾病的防控及亚单位疫苗的研制提供参考数据,同时也有助于今后对该病毒的深入研究。此外,本试验建立的可视化LAMP检测方法可为该病的防控和早期诊断提供技术支持。