自20世纪80年代中期以后，农民专业合作经济组织在中国农村的大地上悄然兴起，并迅速发展起来。农民专业合作经济组织是社员联合所有、民主控制、经济参与并受益的经济组织。这种制度安排决定了农民专业合作经济组织治理机制的特殊性。　　农民专业合作经济组织的治理机制，如全体社员大会（或社员代表大会）是合作社的最高权力机构、理事会应对全体社员大会负责、在全体社员大会上实行一人一票、合作社的重要事务（经营决策及分配方案等）由社员大会决定、社员有权对理事会的工作进行监督、可以随时罢免理事或监事等等，这些都是保证合作社增进社员利益的组织宗旨得以实现的必要制度，只有在这样的制度安排下，才可能保证合作社的组织行为能够充分反映社员的意志，保护和增进社员的利益。因此，合作社的治理机制的主要特点，就是使整个组织能够为社员所控制。　　我国农民专业合作经济组织的发展还处于起步阶段，《农民专业合作经济组织法》尚未出台，农民专业合作经济组织的治理机制也很不完善。本文尝试运用理论分析和案例分析相结合的方法，对农民专业合作经济组织的治理机制进行分析和研究，力图揭示农民专业合作经济组织治理过程中存在的问题，并提出完善其治理机制的可行性建议。　　本文分四个部分。第一、二章为第一部分，主要讲述本文的研究背景、目的和方法，并对国内外有关合作社治理的理论进行概要评述。第三、四章为第二部分，主要是从我国农民专业合作经济组织的决策机制、监督机制、激励机制和财产控制等方面对治理机制进行理论分析。第五章为第三部分，针对我国农民专业合作经济组织的不同发展类型作案例分析。最后一部分，即第六章，是在此前分析的基础上，找出我国农民专业合作经济组织治理中存在的主要问题，并提出建议。