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风疹是由风疹病毒引起的急性呼吸道传染病,在我国目前规定为丙类传染病。一般感染后临床症状轻微,并发症较少,但如果妊娠期妇女缺乏对风疹的免疫力而感染了风疹病毒,可导致流产、死胎或婴儿出生后出现以多器官严重损伤为主要表现的先天性风疹综合征（CRS）,是风疹病毒引起的最严重的危害。风疹病毒只有一个血清型,但有多个基因型,世界卫生组织（WHO）将全球流行的风疹病毒分为两个进化枝,一共13个基因型,两个进化枝在核苷酸水平上差异为8～10%。本研究用Vero细胞或Vero/SLAM细胞从我国10省（自治区、直辖市）2003～2007年风疹暴发和散发病例的咽拭子标本进行病毒分离,并对分离物使用间接免疫荧光法（IFA）、比色法免疫学实验（ICA）以及短片段逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法进行鉴定,结果分离到57株风疹病毒。用RT-PCR方法扩增57株风疹病毒E1基因的1107个核苷酸片段,并对该PCR产物进行核苷酸序列测定和分析,获得用于分子流行病学研究的靶核苷酸——E1基因的739个核苷酸的（nt8731～nt9469）。结果提示,55株风疹病毒株属于1E基因型,相对于其它国家的1E基因型,形成一个独立分支;另外2株风疹病毒属于2B基因型。基于E1基因的739个核苷酸（nt8731～nt9469）,55株1E基因型风疹病毒之间的核苷酸同源性为97.8%～100%,氨基酸同源性为98.3%～100%;2株2B基因型风疹病毒的核苷酸和氨基酸同源性均为100%;1E与2B基因型风疹病毒之间的核苷酸同源性为89.1%～90.1%,氨基酸为98.3%～100%。55株1E基因型风疹病毒分离株的组内遗传距离为0.014,与WHO的1E基因型参考株（中国株T14-CH-02和M1-MAL-01株）的组间遗传距离分别为0.013和0.026,与其它国家和地区的10株1E基因型风疹病毒分离株的组间遗传距离为0.019,大于组内遗传距离。从时间纵向分析可以看出,于2003～2007间,同一时期的毒株间差异无明显规律性变化,这说明我国仍有多个风疹病毒传播链持续传播。57株风疹病毒大部分核苷酸的突变为无义突变,氨基酸序列高度保守,除了2株1E基因型风疹病毒在E1蛋白血凝抑制和中和位点区域第212位氨基酸由Thr变为Ser,其它病毒株均无重要抗原位点的改变;所有我国已分离到的1E基因型风疹病毒在E1蛋白第338位氨基酸共享突变位点(Leu338→Phe338),而其它基因型以及其它国家的1E基因型风疹病毒在该位点均未发生突变,该氨基酸(Phe338)可能是我国1E基因型风疹病毒所特有。2003～2007年在我国10省市均分离到1E基因型,而2B基因型只在2006年四川省从越南输入病例中分离到,提示1E为中国大陆绝对优势基因型,2B基因型为输入基因型,我国近年风疹的流行是由1E基因型为主的风疹野病毒的多个传播链引起。在此期间没有分离到1979～1984年间我国曾经流行的1A、2A和2B基因型风疹病毒;也没有分离到1999～2002年间我国曾经发现的1F和2A基因型风疹病毒,说明我国流行的风疹野病毒的基因型随年代发生了更替。2007年,风疹疫苗纳入了我国国家免疫规划,这给我国风疹控制工作提供了前所未有的机遇。目前,我国要尽早实现麻疹与风疹实验室网络一体化,加强风疹病毒的分子流行病学研究,建立风疹病毒毒株库和基因数据库,了解我国风疹病毒基因型的分布,鉴别病毒的来源和传播途径,提供评估风疹控制策略效果的方法来科学地阻断病毒的传播,评估不同来源疫苗对不同基因型的保护效果,对于全球风疹的控制乃至消除也有着重要意义。