蓝狐是一种珍贵的毛皮动物,被毛颜色是影响狐皮品质与价格的一种重要经济性状,动物毛色的形成受编码基因和非编码RNA等诸多因素调控,但是蓝狐毛色形成的分子遗传机制尚不清楚。本研究利用转录组测序技术对蓝狐孕28天胚胎和36天皮肤组织进行了基因表达差异研究以及lincRNA表达差异研究,研究结果如下:本研究共筛选获得8857个差异表达mRNAs,其中在36天皮肤组织显著上调和下调的mRNAs分别为4272个和4585个,GO分析发现大量差异表达m RNAs参与黑色素细胞分化、发育性色素沉着、黑素体以及色素代谢等与皮肤黑色素生成及色素沉着相关的生物学过程,KEGG分析表明大量差异表达m RNAs富集于黑色素生成相关的信号通路,包括Wnt信号通路,黑色素生成,MAPK信号通路,TGF-β信号通路和PI3K/Akt信号通路等。在全基因组范围鉴定筛选获得456个候选lincRNAs,其中有249个差异表达,在36天皮肤组织中59个显著上调,190个显著下调。结合差异表达lincRNA在北极狐基因组上的位置,对差异表达lincRNA顺式靶基因进行了预测,通过邻近基因分析和功能富集分析表明一部分差异表达的lincRNA可能通过靶向潜在的靶基因参与皮肤黑色素生成和色素沉着相关的生物学过程。本研究提供了可能参与蓝狐皮肤黑色素生成和色素沉着的mRNAs和lincRNAs的全基因组资源,为进一步解析蓝狐毛色形成的分子机制提供了理论依据。