草鱼具有重要的经济价值,嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染可诱发草鱼细菌性败血症。大量研究证实mi RNA参与调控细菌感染后的免疫应答。本论文基于课题组前期研究中草鱼免疫相关的mi RNAs,筛选并鉴定mi R-462的靶基因,研究其在A.hydrophila感染后的调控机制。通过高通量测序分析基因结构和不同养殖密度下的差异表达基因,并结合草鱼全基因组对靶基因家族进行功能分析。主要研究结果如下:1.草鱼mi R-462在A.hydrophila感染过程中呈现先升高后降低的表达模式。使用RNAHybrid软件预测得到mi R-462的潜在靶基因cx32.2、slc9a3.1和tbk1。A.hydrophila感染过程中,cx32.2、slc9a3.1和tbk1的表达先降低后升高,与mi R-462的表达模式呈负相关。双荧光素酶报告系统显示mi R-462可靶向cx32.2、slc9a3.1和tbk1的3’非编码区抑制其表达,说明cx32.2、slc9a3.1和tbk1是mi R-462的靶基因,过表达mi R-462可以显著抑制cx32.2、slc9a3.1和tbk1的表达,进一步证实了这一结果。过表达mi R-462后,下游slc4a4a、tnfrsf5、cxcl9和cxcl11基因的表达量显著下降,说明mi R-462可通过靶向slc9a3.1和tbk1影响下游基因的功能。2.利用Pac Bio平台对草鱼组织混样文库进行高通量测序,获得了31.04G数据量。对下机数据进行过滤和质控后,获得79,148条高质量的转录本,其中1,999条为已知转录本,53,448条为已知基因的新转录本,剩余23,701条转录本来自于18,827个新基因。对新基因进行结构分析,共检测到8,009个基因发生了可变剪切;在10,219个基因中检测出poly-A位点;从64个家系中鉴定出2,420个推测的转录因子成员;15,521个转录本被四种方法共同鉴定为长链非编码RNA。在草鱼肠、脑和肌肉中分别检测出1,300,228和1004个差异表达基因(DEGs)。相对于高养殖密度群体,在低养殖密度群体肠道中有640个上调和660个下调DGEs,脑中有159个上调和69个下调DGEs,肌肉中有708个上调和296个下调DGEs。差异基因富集分析表明,肠道和肌肉中的DEGs均主要富集于代谢途径,分别为131和73个基因,脑的7个DEGs主要富集于吞噬体途径。三种组织中的DEGs在PPAR信号通路、甘氨酸,丝氨酸和苏氨酸代谢、脂肪酸代谢途径中均显著富集。3.基于草鱼的全基因组数据库,我们鉴定出4条IKK和11条SLC9基因,这些基因分布在草鱼的其中12条染色体上。使用MEGA-X构建基因家族的系统发育进化树,发现草鱼与斑马鱼具有相似的进化过程,及不同基因的多拷贝呈现不同的聚集模式。对IKK和SLC9的氨基酸序列进行多序列比对和结构域预测,发现序列具有较高的相似性,且在IKK和SLC9的编码序列中分别鉴定出一段S＿TKc和Na＿H＿Exchanger结构域,此外,我们分析了草鱼IKK和SLC9在不同组织的表达谱,结果显示IKK在各组织中普遍表达,在肠道中均高表达。SLC9家族中,slc9a3基因的多拷贝具有相似的表达情况,slc9a1和slc9a6的多拷贝的表达相差较大。