岛屿生境因其地理隔离、生物类群简单以及独特的历史成因等特点,与大陆环境在许多方面存在明显差异。黑线姬鼠(Apodemus agrarius),隶属于啮齿目(Rodentia),鼠科(Muridae),姬鼠属(Apodemus),广泛分布于我国南北各地,本研究对舟山群岛分布的黑线姬鼠种群及大陆种群进行了形态学及遗传变异研究。首先,采用样线法对舟山群岛6个岛屿,即大摘箬山、刺山、大猫岛、小盘峙岛、桃花岛、六横岛,和内陆地区,即金华、义乌进行黑线姬鼠的样本采集,并对其形态多个指标进行比较分析;其次,利用微卫星(SSR)分子标记技术,研究了黑线姬鼠6个岛屿种群之间及大陆种群和岛屿种群之间的遗传多样性水平、变异来源、遗传分化水平,并探究了岛屿面积、隔离度对种群遗传变异的影响;最后,研究了黑线姬鼠在不同岛屿种群之间以及岛屿与大陆种群之间的扩散情况。通过对上述内容的研究,主要得出以下结论:1.对比7个黑线姬鼠地理种群的平均体长、平均体重、平均尾长等多项形态指标,得到两两地理种群间的差异系数。由差异系数得知,7个黑线姬鼠地理种群的形态指标差异较小,仅大陆种群和刺山种群在胴体重、后足长表现出亚种水平的差异,其他地理种群之间的形态差异未达到亚种水平,岛屿与大陆种群之间的形态差异同样未达到亚种水平。根据形态指标对7个地理种群进行聚类分析,结果显示,桃花种群、六横种群、小盘峙种群和大陆种群聚为一类,其中桃花种群、六横种群、小盘峙种群较为接近,大陆种群与之相对较远,大摘箬山种群、大猫种群和刺山种群聚为一类,其中大摘箬山种群和大猫种群较为接近,刺山种群与之较远。单因子方差分析结果显示各地理种群黑线姬鼠之间差异较小,其中基于体重、胴体重、后足长、耳长分析的结果可以看出刺山种群跟其他地理种群表现出较大差异。主成分分析结果同样显示,刺山黑线姬鼠种群与其他种群分化相对较大。2.基于14对微卫星分子标记,对7个黑线姬鼠地理种群的核基因进行分析,得知其平均等位基因数为8.2188(3.8889～18.2857),平均有效等位基因数为4.9703(3.0091～11.3503),平均观测杂合度为0.5480(0.4389～0.6926),平均期望杂合度为0.7433(0.6170～0.9198),平均多态信息含量为0.6518(0.3528～0.8957),表现出非常丰富的遗传多样性。其中,大陆种群的遗传多样性最高,六横种群和桃花种群遗传多样性较高,刺山种群和小盘峙种群遗传多样性较低。7个地理种群之间的平均遗传分化系数为0.2655(0.1139～0.5137),处于超高度分化水平。种群内的遗传变异所占比例为80.29%,而不同地理种群之间的遗传变异占19.71%,说明各种群黑线姬鼠的核基因变异主要来源于种群内。岛屿种群的观测杂合度为0.5185,期望杂合度为0.8713,多态信息含量为0.8546,大陆种群的观测杂合度为0.5663,期望杂合度为0.9198,多态信息含量为0.8957。从杂合度和多态信息含量来看,大陆种群都高于岛屿种群。因此,黑线姬鼠大陆种群的遗传多样性较岛屿种群更高。大陆种群与岛屿种群之间的遗传分化系数为0.0629,表明黑线姬鼠大陆种群与岛屿种群之间有中等程度的分化。种群内的遗传变异所占比例为93.71%,而大陆与岛屿种群之间的遗传变异占6.29%,黑线姬鼠的核基因变异主要来源于种群内。3.通过微卫星标记的结果对黑线姬鼠进行扩散研究得知,采集地的黑线姬鼠在舟山群岛的各岛屿之间以及岛屿与大陆之间均未发生扩散现象。