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采用分子克隆技术首次获得了斑鳜（Siniperca scherzeri）3种胃蛋白酶原（pepsinogen，PG）：PGA1、PGA2和PGC，PGA1和PGC5侧翼区序列以及胃质子泵（gastricH+/K+-ATPase）α、β亚基的基因序列，分析了它们在鳃、食道、胃、幽门垂、前肠、后肠、肝胰脏、肾脏、脾脏、心脏、皮肤、肌肉、卵巢和精巢各组织中表达特征，为进一步研究不同PG的时空表达、功能、激活及其转录调控奠定了分子基础，为鱼类消化生理的分子机制研究提供了新的资料。
采用RT-PCR和RACE等技术克隆了斑鳜3种PG基因（PGA1、PGA2和PGC）cDNA全长序列和DNA序列，结果表明：PGA1cDNA全长序列1361bp，共编码378个氨基酸；PGA2cDNA全长序列1348bp，编码376个氨基酸；PGCcDNA全长序列1505bp，编码387个氨基酸。3种PG的氨基酸序列均由信号肽、激活肽和胃蛋白酶3个部分组成，序列中含有催化活性必需的2个天冬氨酸残基和构成二硫键的6个半胱氨酸残基。斑鳜PGA1与其它鱼类的PGA氨基酸序列相似度在77.8％～94.2％之间，与两栖类、鸟类以及哺乳类则在68.8％～74.4％之间；斑鳜PGA2与其它鱼类的PGA氨基酸序列相似度在77.9％～95.5％之间，与两栖类、鸟类以及哺乳类则在68.5％～72.5％；斑鳜PGC与其它鱼类的PGC氨基酸序列相似度在89.1％～92.0％之间，与两栖类、鸟类以及哺乳类则在67.3％～87.9％，斑鳜3种PG与其它脊椎动物间的相似度较高（均大于60％），揭示了它们在进化过程中较为保守。PGA1、PGA2和PGC的DNA序列均由9个外显子和8个内含子组成，除PGC第8内含子剪切位点是GC-AG型外，其它均为GT-AG型。RT-PCR检测了PGA1、PGA2和PGC在各组织中的表达情况，结果显示：3种PG均在食道、胃和皮肤中表达，且主要在食道和胃中表达。此外PGA1还在心脏和精巢中表达，PGA2还在心脏、卵巢和精巢中表达，PGC还在肌肉中表达。
为进一步探讨斑鳜不同PG基因的转录调控差异，运用PCR-末端加尾法分别克隆获得了长2437bp的PGA15侧翼区序列和长1924bp的PGC5侧翼区序列。结果显示：PGA1和PGC的启动子区域均位于-40～+10bp处，PGA1和PGC的启动子区域均存在TATAbox，而无GCbox和CAATbox。在PGA15侧翼区发现10个HSF和CdxA结合位点，在PGC5侧翼区发现10个CdxA结合位点，此外还发现一些其它转录因子结合位点。
由于胃酸的分泌是PG激活的必需条件，因此我们还克隆了斑鳜胃质子泵α、β亚基的cDNA全长序列。结果显示：α亚基cDNA全长3531bp，编码1021个氨基酸，其氨基酸序列含有10个跨膜区，并存在1个赖氨酸/甘氨酸结构簇和1个E1-E2型α亚基转化的磷酸化位点；斑鳜胃质子泵β亚基cDNA序列全长1742bp，编码291个氨基酸，其氨基酸序列由胞质域、膜域和胞浆域3个部分组成，且存在7个N-糖基化位点和6个位置较为保守，形成二硫键的半胱氨酸。斑鳜胃质子泵α亚基与其它鱼类的相似度在92.8％～94.7％之间，与两栖类和哺乳类的相似度在89.7％～93.2％之间；β亚基氨基酸序列与其它鱼类的相似度在89.1％～92.1％之间，与两栖类、鸟类和哺乳类的相似度在60.1％～67.7％之间，说明α、β亚基在脊椎动物长期的进化过程中具有较高的保守性。斑鳜胃质子泵α亚基和β亚基均在食道、胃中有大量表达。其中α亚基除不在肝胰脏和卵巢中表达外，在其它所检测的组织中均表达；β亚基则还在卵巢和精巢中有微弱表达。这为进一步研究该基因与PG的协同表达关系与消化功能分析奠定了分子基础。