中国建筑业实施结构调整和管理体制改革以来,建筑企业形成了管理层与作业层相对分离的运行体制,但国内以总承包商、专业分包、劳务分包三个层次的金字塔型结构尚未真正建立。建筑企业大部分工程项目仍以自有机械设备、自供材料的模式方式完成,管理精力被牵制；另一方面建筑企业从业人数下降,从业人员薪酬上升,建筑企业人力资本增加,说明中国工程建设所利用的劳动力红利优势亦逐步降低。因此,建筑企业和外部协作队伍如何加强合作,提高劳动生产率将是双方合作的关键点。本文以组织间管理理论为理论基础,结合国内外工程建设组织研究,对组织管理进行理论分析；其次利用博弈模型分析工程建设组织短期合作行为及长期重复合作行为,总结归纳出项目部与协作队伍合作影响因素为项目部(挤压协作队伍的利润空间、拖欠工程款)、协作队伍(减少必要材料、设备、劳动力的投入、拖延工期),并利用博弈效用矩阵进行分析；最后利用SPSS软件对项目部与协作队伍合作关系、作业层自组织的调查数据进行分析。调查数据分析发现建筑公司对协作队伍实行《资格准入证》管理的方式得到协作队伍的认同,但协作队伍绝大多数都是挂靠、租赁劳务公司的方式承揽工程,并且关心工程项目的发包价格和工程款项的结算和支付,而不注重队伍员工的培训。调查数据分析验证了建筑公司与协作队伍合作的过程中,建筑公司存在压低工程发包价格和拖延工程款项结算及支付行为；协作队伍在施工的过程中对人力资木的投入较少,协作队伍技术水平参差不平的情况,从而可能引发项目部关心的质量、工期问题。作业层自组织调查数据的分析表明,协作队伍负责人招聘员工和建筑工人寻找工作的主要方式,仍然是通过亲戚、朋友、老乡推荐,即地缘和乡缘关系仍是农民工队伍主要关系。但协作队伍大部分建筑工人流动性非常强,但有少量的建筑工人跟随协作队伍10年以上,这些人形成协作队伍的管理层,协作队伍没有正规的培训机制,基本上都采用“老带新”技术传授方式。调查数据分析结果表明工程建设项目建设过程中建筑公司工程发包价格不高、工程款项结算和支付不及时,协作队伍不注重人力投入,分析结果为建筑企业与协作队伍改善双方合作策略,提高双方合作效率提供帮助。