LncRNA SNHG12在癌症预后评估价值的Meta和生物信息学分析

来源 :甘肃中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:abchkiesh
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目的:小核仁RNA宿主基因12(SNHG12)是一种新发现的肿瘤标志物。SNHG12在多种肿瘤中有异常表达,它可能影响多种癌症的发生发展。然而,关于SNHG12在人类癌症中的作用机制仍不清楚。我们的研究旨在分析SNHG12在泛癌中的预后价值,并揭示SNHG12表达与肿瘤免疫之间的相关性。方法:1.我们搜索了数据库:EMBASE、Web of Science、Pub Med和The Cochrane Library,以确定相关性研究。使用风险比(Hazard Ratio,HR)和相应的95%置信区间(95%CI)分别评估SNHG12异常表达与癌症患者生存和临床病理特征(CFS)的关联。采用STATA12进行数据合并和发表偏倚检测。2.我们利用癌症基因组图谱(TCGA)、GTEx数据库、癌细胞系百科全书(CCLE)数据库,全面了解SNHG12在泛癌中的表达。3.TCGA数据库中,采用Kaplan-Meier法和单因素Cox回归分析进一步评估了SNHG12在各种癌症中的预后价值。4.此外,应用ESTIMATE算法,计算免疫细胞和基质细胞得分来探索SNHG12与肿瘤免疫微环境(TME)的关系。5.使用CIBERSORT方法计算所有癌症患者中的22种免疫浸润细胞的比例。6.随后通过Spearman方法研究了SNHG12与肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、错配修复(MMR)、DNA甲基转移酶(DNMTs)、TME、免疫细胞浸润之间的关联。7.反转录-聚合酶链反应RT-PCR检测SNHG12在胃癌细胞系(HGC-27、MGC-803和AGS)以及正常胃上皮细胞(GES-1)中的表达水平。结果:1.我们的荟萃分析的结果表明,SNHG12的过表达与较差的总生存期(OS)(HR=1.44,95%CI,1.33–1.56,P<0.001)、无病生存期(DFS)(HR=1.49,95%CI,1.18–1.88,P=0.001)和无复发生存期(RFS)(HR=1.48,95%CI 1.14–1.92,P=0.003)显著相关。SNHG12的过表达与肿瘤大小、高的TNM分期、淋巴结转移、远处转移、高分化显着正相关。2.在TCGA数据库中,进一步评估泛癌中的SNHG12表达水平,发现SNHG12在大多数肿瘤中高表达。3.SNHG12过表达的患者在BLCA、LUAD、BRCA、HNSC、LUSC、LUAD中预后较好,在ACC,KIRC,LIHC,HCC预后较差。4.SNHG12的异常表达与多种癌症中的TMB、MSI正相关,且与MMR相关基因、DNMTs、TME和免疫浸润密切相关。5.在胃癌中,SNHG12的表达与TMB、MSI呈正相关,与基质细胞、免疫细胞以及总的免疫微环境评分显著负相关,与IPS评分显著负相关。表明SNHG12表达预测免疫微环境,以及胃癌患者免疫治疗效果。6.RT-PCR检测表明:与正常胃上皮细胞相比,SNHG12在胃癌细胞系中呈高表达。7.通过GSE70880芯片筛选出差异表达的基因,和靶基因取交集,提取SNHG12在胃癌中调控的靶基因10个mi RNA和31个m RNA,构建SNHG12的ce RNA网络。结论:根据我们的荟萃分析,在癌症患者中,SNHG12的过表达与较差的OS、DFS、RFS有关。此外,生物信息学分析表明,SNHG12在多种癌症中显著上调,并且与预后密切相关。SNHG12与TMB、MSI、TME和免疫细胞浸润有关,可能调节癌症中肿瘤免疫和TME,从而提供基于免疫的抗癌策略。因此,SNHG12可用作肿瘤标志物和治疗靶点。SNHG12可以用来提高癌症诊断,发现潜在的治疗目标,并改善预后。将定期临床检查与SNHG12表达评估相结合,将为患者提供了有针对性的预后和更多的治疗选择。
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