甜瓜（Cucumis melo L.）是一种重要的水果型蔬菜。近年来,随着人们生活水平的提高,对甜瓜的需求也逐步增加。如何提高甜瓜产量成为我国生产甜瓜一个重点关注的问题。柱头是授粉过程的重要器官,也是花粉受体。在传粉过程中,昆虫通过识别花器官颜色进行传粉。在甜瓜人工授粉、制种及果实生产过程中,绿色柱头与黄色花粉颜色有较大差别,能够容易辨别到柱头是否被授粉及授粉的均匀程度。因此,研究控制甜瓜柱头颜色相关基因有利于提高甜瓜产量,为甜瓜育种提供有效参考。同时,随着测序技术不断发展,使得一些基因可以被快速定位,也极大缩短了研究成本与时间。在本研究中,以绿色柱头甜瓜品系“MR-1”和黄色柱头甜瓜品系“M1-32”为亲本材料并对其进行基因组重测序,两亲本经杂交及自交获得F₁和F₂代。通过BSA法（Bulked Segregant Analysis）,初步筛选出控制甜瓜柱头颜色基因的候选区间。基于亲本重测序数据,运用生物信息学方法,在候选区间内设计开发SNP-CAPS引物,利用F₂代表型数据结合多态性标记初步构建遗传连锁图谱,对甜瓜柱头总叶绿素含量进行QTL分析,在定位区间内进行加密,得到与相关性状紧密连锁的标记,并预测候选基因。主要研究结果如下:（1）甜瓜柱头总叶绿素含量为数量性状,由多个基因共同控制。甜瓜柱头总叶绿素含量与柱头颜色呈正相关,柱头颜色越深,其叶绿素含量则越高。（2）构建了一张覆盖基因组长度为606.75 c M、标记间平均距离为9.19 c M的遗传连锁图谱,图谱包括65对SNP-CAPS标记、4个连锁群。（3）通过BSA法并结合SNP-CAPS标记,分别在第6号、8号染色体上检测到两个甜瓜柱头总叶绿素含量的主效QTL（SC6.1和SC8.1）,贡献率分别为15.01%,27.04%。在SC8.1的候选区间内筛选出三个候选基因,分别与锌指蛋白、叶绿体醛酮还原酶合成和叶绿体降解相关。