Netrin-1蛋白的结构与功能生物信息学分析

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目的:Netrin-1蛋白是一个具有潜在价值的肿瘤诊治靶点,但其结构特征及促癌机制仍未完全阐明。本文通过生物信息学方法对Netrin-1蛋白的结构和功能进行全面的预测分析,从而为癌症发病机制及治疗提供理论依据。方法:利用UniProt对Netrin-1各物种蛋白序列进行检索,通过ProtParam数据库和DNAMAN软件对人Netrin-1蛋白进行理化性质及亲水性/疏水性预测分析,通过Genecards数据库对人Netrin-1蛋白进行亚细胞定位分析,通过SOPMA和PDB数据库对人Netrin-1蛋白进行空间结构分析,通过UniProt和NCBI Conserved Domain数据库人Netrin-1蛋白进行基本结构分析,通过ClustalX2.1和DNAMAN软件对人Netrin-1蛋白与黑猩猩(H2QC90)、小鼠(O09118)、大鼠(Q924Z9)、牛(F1N0C7)、狗(F1PSP7)、小鸡(Q90922)、蜥蜴(G1KUB3)、斑马鱼(O42203)及绿河豚(H3CIU4)的Netrin-1蛋白进行同源序列对比与进化关系分析,通过GPS3.0与GPS PAIL2.0软件对人Netrin-1蛋白的磷酸化、乙酰化等修饰位点进行预测分析,通过AmiGO2、KEGG、String在线数据库对人Netrin-1蛋白进行GO分析、通路分析及互作蛋白分析,通过THE HUMAN PROTEIN ATLAS数据库对人Netrin-1蛋白进行蛋白表达谱分析。结果:人Netrin-1蛋白是由VI、V-1、V-2、V-3和NTR结构域组成,包含604个氨基酸,总分子式为C2925H4609N891O866S51,原子总数为9342,分子质量为67748.28,在进化过程中高度保守,属于NTRlike超家族和LamininN超家族,结构域中V-1、V-2和V-3最保守,是一种亲水、不稳定的分泌蛋白。该蛋白主要二级结构为无规卷曲占64.57%,其余的延伸链、α-螺旋和β-折叠分别占18.38%、12.58%、4.47%,在VI结构域及V-1、V-2、V-3结构域中存在较多潜在的磷酸化位点,而乙酰化位点主要集中在NTR结构域末端,其互作蛋白除经典的DCC、UNC5A、UNC5B、UNC5C、UNC5D、NEO1和DSCAM外,还有FYN、BCAR1、MAP1B等,在结肠癌、乳腺癌、前列腺癌等实体肿瘤中表达较高。结论:综合Netrin-1蛋白的结构、功能信息,提示其可能通过调节多种肿瘤相关信号通路促进肿瘤恶性进展。
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