猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)作为猪传染性胃肠炎病原,是一种急性、高度接触性传染病,该病以呕吐、水样腹泻、脱水和对两周龄内死亡率较高(通常为100%)为特征。TGEV常在每年冬季和春季呈暴发流行,给养猪业造成较大的经济损失。为了获得临床分离毒株TGEV HQ2016全基因组序列,本研究利用Illumina二代测序法对TGEV HQ2016毒株进行全基因组测序,该毒株全序列长度为28 585 nt,全序列由5’端到3’端符合ORF(1a/1b)-S-3a-3b-sM-M-N-ORF7’的顺序。全序列分析显示TGEV HQ2016毒株核苷酸序列与AYU、HX、WH-1、PUR46-MAD、Purdue毒株同源性最高(100%)。全基因组进化树显示TGEV HQ2016毒株与Purdue普系毒株亲缘关系较近,与Miller谱系毒株的亲缘关系较远。重组性分析结果显示,TGEV HQ2016毒株中不存在重组区域。为建立一种检测猪传染性胃肠炎病毒的半巢式RT-PCR方法,本研究利用TGEV HQ2016与已发表于GenBank其TGEV毒株序列N基因等序列设计3条特异性引物,建立并优化反应体系。试验结果显示,该方法能够成功扩增483 bp和338 bp两条目的条带。对TGEV具有良好特异性,与猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪博卡病毒、猪德尔塔冠状病毒均无交叉反应;敏感性最低可检测到1.86×10~-11 pg/μL的TGEV cDNA。本试验所建立的半巢式RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性良好,利用建立的半巢式RT-PCR对临床50份猪腹泻样品检测结果显示,阳性率为36%,可准确地对TGEV感染做出诊断,为TGEV的临床检测、流行病学调查提供了有效手段。本研究对TGEV HQ2016毒株基因组结构进行特性分析,并且建立半巢式RT-PCR检测方法,不仅为TGEV的遗传进化等基础性研究提供重要的理论基础,也为猪传染性胃肠炎的诊断、相关生物制品研制以及疾病防控具有重要参考价值。