莲座蕨属（Angiopteris Hoffm.）自建立以来，属内种的划分一直存有争议。本研究以11种主产云南和海南的莲座蕨为材料，从孢粉学和分子系统学两方面探讨了种间系统演化关系及莲座蕨属分组可行性，主要结论如下：　　 莲座蕨属孢子近圆球形，少数椭球形。孢子均具有周壁，三裂缝，大多数孢子裂缝明显。孢子表面纹饰除尖齿莲座蕨为拟网状纹饰、法斗莲座蕨为疣状纹饰，并可以此作为这两种莲座蕨的识别特征外，其余种类的孢子表面均以瘤状纹饰为主并混合条纹纹饰，无法截然区分。莲座蕨属孢子赤道轴长为19.90-24.60μm，极轴长为21.60-25.19μm，11种莲座蕨孢子大小与莲座蕨属分组有一定的联系，即孢子大小顺序为：瘤突组>沟槽组>圆柱组。　　 叶绿体DNA trnL—F、rps4和rbcL片段序列分析表明：①单独序列分析的MP、NJ和贝叶斯系统树均显示出莲座蕨属内复杂的网状关系，无法与依据形态特征所进行的分组及分种等相联系；②但三段序列联合分析的MP、NJ和贝叶斯系统树均有较好的分支支持率，并与形态分类的结果存在显著联系，即支持将莲座蕨属划分为瘤突组、沟槽组和圆柱组。根据各系统树上分支间的关系，初步推断圆柱组较为原始，而沟槽组和瘤突组较为进化。　　 依据形态特征、地理分布等现有资料，结合本论文分子系统学研究结果：①建议将河口莲座蕨处理为福建莲座蕨的异名；②初步推断王氏莲座蕨为一杂交种，其亲本可能是云南莲座蕨、福建莲座蕨。