根据依法行政原则,行政机关有权撤销违法的行政行为。但是,行政机关对违法行政行为的撤销权并不是无限制的。对救济程序外的撤销权的限制应严于对救济程序内的撤销权的限制。对依职权撤销的限制应比依申请撤销的限制更为严格。另外,行政行为类型不同,违法行政行为撤销权所受到的限制也就不同。对授益性行政行为的撤销权比负担性行政行为撤销权受到的限制更多,而对具有第三人效力的行政行为撤销权的限制则需要对第三人所受到的影响进行具体分析。一般而言,对违法行政行为撤销权的限制的理论基础包括法的安定性对行政合法性原则的张力,其中行政行为效力理论中的存续力理论和构成要件效力理论是法的安定性在行政行为效力方面的体现；法的实质正义观对法的形式正义观的限制；对公益私益的利益衡量和调和以及行政程序理论等。这些法理基础赋予对违法行政行为撤销权的限制以理论上的必要性和可能性。从上述理论出发,违法行政行为撤销权应受到以下限制：信赖利益保护原则的限制,即当信赖利益明显大于公共利益时,应对信赖利益加以保护而排除撤销；行政行为违法严重程度的限制,即行政行为违法的严重程度与限制成反比,违法程度越轻微,限制就越多；违法行政行为的存续时间的限制,即违法行政行为存续超过一定期限,为了维护行政法律关系的稳定性,行政机关不得撤销；行政程序方面的限制,即告知、说明理由、听取意见等基本行政程序对撤销权的限制。另外,不同行政行为自身的特点决定了其不同于对一般违法行政行为撤销权的限制。最后,基于上述理论,提出《行政许可法》第69条现存的缺陷及完善的建议。现有法条存在以下缺陷：以撤销为原则不利于维护行政许可法律关系的稳定性；行政机关的裁量权过大；没有区分行政行为的违法程度；缺乏程序和期限的限制。基于此,对《行政许可法》第69条的不足之处提出一些修改建议：第一,在立法理念上,修改为以限制行政机关对违法行政行为的撤销权为原则,以撤销违法行政行为为例外；第二,将“赔偿”修改为“补偿”即,“依照第一款的规定撤销行政许可,被许可人的合法权益受到损害的,行政机关应当依法给予补偿”；第三,新增关于“程序限制”的条款规定,即在作出撤销行政许可决定前,应将拟作出撤销决定的依据、理由、赔偿意见等书面告知被许可人,听取被许可人的陈述或者申辩,并告知被许可人有要求听证的权利；第四,新增关于撤销违法行政行为的期限的限制,即撤销行政许可仅得在行政机关知悉违法情形后的两年内实施。但自违法行政行为作出之时起满5年的,行政机关不得撤销行政许可。