2015年新修订的《行政诉讼法》实施,以法律的形式将行政机关负责人出庭应诉制度明确下来,三年后的2018年,《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》出台,对该项制度作了进一步的详细规定。作为一项我国特有的诉讼制度,行政机关负责人出庭应诉制度运行至今虽然取得了明显的效果,但是在实践中仍然存有较多的问题,在当前依法治国、依法行政的大环境下,对于该项制度的研究在我国法制建设的进程中依然具有重大理论价值和实践意义。本文结合笔者自己在成都市中级人民法院行政庭实习时的切身体会,归纳当前行政机关负责人出庭应诉制度运行现状,发现存在行政机关负责人整体出庭率较低且地区差异较大,行政机关负责人出庭应诉形式化,行政机关对诉讼的干预等问题。通过对这些问题进行分析,找出存在问题的原因所在,有法律制度方面的原因,也有行政机关负责人个人的原因,还有法治环境的原因。并且针对这些问题提出具体完善该项制度的个人想法。首先,通过立法适当扩大“行政机关负责人”及“出庭”的范围,明确哪些类型的案件须由行政机关负责人自己出庭应诉,明确负责人因有正当理由不能出庭时,是以行政机关为主体还是以负责人自己为主体来委托工作人员代为参加庭审,并且确定由人民法院对负责人不能出庭应诉的理由进行实质审查;其次,完善行政机关内部监督考核与问责机制,并由行政机关建立负责人出庭应诉前的相关准备工作制度,以及相关法律知识和应诉技巧的培训制度;最后,行政机关负责人是否应该出庭应诉,应由人民法院进行裁量,而且让主审法官根据行政机关负责人在庭审中的具体表现对其进行评价,同时法院可以以审判白皮书、法院工作报告等透明方式,向社会公开本地区行政诉讼中的负责人出庭比例,以及负责人在庭审中的表现。