增值税自1994年引进以来，切实保证了财政收入，促进了资源的有效配置，一定程度上还缓解了重复征税，保持了税收中性。因此在短短30余年里，增值税迅速发展，一跃成为我国第一大税种，并且在当前“营改增”过程中进一步吞并营业税，在税收总收入中将占据半壁江山。当前，我国的增值税采用购进扣税法，即从本期销项税额中扣除购进货物和劳务中的进项税额计算应纳增值税额。该种方法具有计算简便的特征，因此被大多数国家采用。但是凭票抵扣的购进扣税增值税制存在一个根本缺陷，就是抵扣链条断裂问题，即未能按理论原理和增值税性质实现对增值税征税，重复征税的现象仍然较严重，尤其营改增后多档税率并存，“高征低扣”、“有征无扣”现象更加普遍。这一方面违背了增值税的性质，另一方面明显加重了企业税负，并导致税负不公，因此必须深化改革进行完善。本文首先从增值税的性质、计税原理出发，从制度和征管两方面着手，在制度方面分“两类六大项”探析抵扣链条存在的具体问题。其次通过选择有代表意义的样本企业进行调研，深入分析企业因进项税额不能抵扣或抵扣不足所带来的超税负担，以及这种增值税超税负担对企业产生的影响。接着从制度设计和征收管理两方面分析导致抵扣链条断裂的原因。最后探讨如何“加固”抵扣链条，如通过确定科学、简化的增值税税率机制，保持税收中性，为足额抵扣奠定基础；扩大增值税抵扣范围，推进增值税链条的内涵式扩展；规范增值税优惠政策，保障抵扣链条完整性；建立科学的征管制度，提高征管能力，缓解由征管措施不当而导致的抵扣不足或不能抵扣。通过完善增值税制，希望促使增值税制的优势得于充分发挥，促进税负公平和经济增长。