本文基于系统科学理论，综合运用区域经济学、产业经济学、计量经济学等理论与方法，对高技术产业与区域经济协调发展问题进行了全面系统地研究，主要内容包括：运用区域经济学、产业经济学理论分析了高技术产业与区域经济的相互作用，同时应用C-D生产函数和协整分析对高技术产业与区域经济相互作用做可行性实证分析。从系统科学视角，综合运用系统分析理论与方法，构建“高技术产业-区域经济”复合系统，分析其内涵与特征，运用耗散结构理论、协同学理论研究复合系统协调发展机制，指出“高技术产业-区域经济”复合系统协调发展的外部条件—吸收“负熵流”，内部条件—竞争与协同。运用logistic模型结合可持续发展观，研究复合系统的系统演化机制及可持续发展路径。高技术产业与区域经济协调发展的评价研究。构建高技术产业与区域经济协调发展的评价指标体系；利用协同学序参量概念、主成分分析法、灰色关联度、回归分析法等建立高技术产业与区域经济协调度计算模型；基于AHP和灰色关联度的模糊综合评判方法，建立了高技术产业与区域经济协调发展评价模型；并对八大区域进行实证计算分析。最后提出区域发展高技术产业的政策选择，包括：政府转变管理模式、优化政策环境、培育高技术产业市场；合理规划建设高技术产业园区；建立有利于高技术产业化的创新体系；改革科技评价体制；金融配套体制改革，拓展融资渠道、完善风险融资、退出机制；重视民营企业投资高技术产业发展等。