税法适用过程中所应遵循的基本原则为税收法定主义原则,税法适用的主要方法是演绎推理,但这并不意味着税务机关只要恪守了税收法定精神并逻辑地将税法规范应用于具体的应税事实即可完成税法适用。税收法定主义原则以形式课税原则为基础,而实质课税原则不拘泥于法律的形式而注重经济实质。税收法定主义原则决定了税法适用的形式规则优位性,但为保证个案的公平与正义,价值判断在税法适用中的作用不可或缺。税务机关处于税法的不周延性与应税事实的复杂性的夹缝之中,其在个案中如何处理税收法定主义原则与实质课税原则的关系、如何面对形式规则与价值判断的冲突正是税法适用的困惑所在。全文从税法适用的基本原则与基本方法、实质课税原则与税收法定主义原则之对立统一、税法适用中形式规则与价值判断之冲突与和谐三个方面,就税法适用中的矛盾冲突进行了辩证思考。