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苹果锈果病是苹果果实的主要病害之一，严重影响果品的商品价值和经济价值，其病原物为苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid，ASSVd)，由于其分子量小，依靠寄主细胞的酶系统进行复制，复制所需时间短，比其寄主有更快的进化速度。对苹果锈果类病毒进行分子变异研究可为病毒分类、诊断、流行规律的认识以及防治提供理论依据。本研究对烟台地区牟平、蓬莱、栖霞、招远以及文登地区的嘎啦、红将军、富士样品中的ASSVd进行分离和序列分析，比较同一地区不同品种和同一品种不同地区的ASSVd分子变异情况。研究结果如下：1、本研究在不同地区不同的苹果品种上共分离获得56条ASSVd变体。（1）46条变体与NCBI中印度分离物FM208142.1相似性最高，为78.5%～100%。其中30条331bp的变体与FM208142.1相比，仅个别位点存在差异或完全相同；5条330bp变体中，4条变体与FM208142.1个别位点存在差异，而变体FM330-2与FM208142.1有8个位点存在差异，变异位点位于C区和T1区；2条332bp变体与FM208142.1分别有4个、8个位点不同，变异位点在C区和T1区。系统进化树显示330bp、331bp、332bp的37条变体均与FM208142.1亲缘关系较近，二级结构预测均为棍棒状。9条变体核苷酸序列长度发生较大变异，其中包括4条272bp变体、3条371bp变体、1条372bp变体、1条342bp变体。系统进化树显示，除342bp变体外，其它8条变体均与FM208142.1亲缘关系较近。二级结构预测结果表明：9条变体二级结构均出现分支，与大多数马铃薯纺锤块茎类病毒的棍棒状结构不符。（2）其余10条变体中，基因长度为263bp的变体1条，与印度昆诺阿藜HG764206分离物相似性最高，为77.20%；333bp的变体2条，与新疆KC110858.1相似性最高，为95.2%；365bp的变体2条，与希腊野樱桃分离物FJ974062.1相似性最高，为88.21%；354~359bp变体5条，均与希腊金帅分离物GQ249347.1相似性最高，分别为89.08%-91.64%。系统进化结果显示，这10条变体与FM208142.1亲缘关系较近。二级结构预测结果表明，除2条333bp的变体外，8条变体出现分支结构，其中长度为365bp的变体出现多分支结构。2、将本研究获得的330～333bp的变体序列与NC001340序列进行多序列比对，共发现19个信息位点，突变位点和信息位点主要分布在二级结构P区、C区和T1区。3、同一地区不同品种（嘎啦、红将军、富士）上的ASSVd存在一定的寄主专化性。不同地区嘎啦和将军中的ASSVd存在一定的地区专化性，而富士品种中的ASSVd序列不具有明显地区专化性。