20世纪90年代以来，科学技术不断发展，其与一个国家经济、地位、安全的紧密联系日益凸显，各国纷纷将推动技术进步与创新活动发展列入国家发展战略之中。中国政府于1998首次提出建立国家创新体系的宏伟目标，十七大报告更将创新型国家建设提高到国家战略层面。依靠科技创新，提升产业结构、转变经济增长方式已成为新时期国家发展经济的重要战略举措。我国创新活动的投入与发达国家相比还有一定差距，但总体来说一直保持上升趋势。且创新投入的不足受到经济发展水平、文化教育程度等限制，必须遵循一定的发展趋势，短期内难以提高。一味增加创新投入不能解决制约创新系统发展的根本问题，从提高创新效率入手则更适应本阶段创新能力提升的需求。本文从两阶段视角出发研究区域创新效率问题，将区域创新系统划分为科技成果转化阶段和效益转化阶段。分别采用因子分析-数据包络分析复合方法测算子系统与总系统创新效率，并测度子系统效率间的协调度，采用面板数据回归模型测算非主体因素对两个子系统的不同影响。最后，采用全国29地的创新活动面板数据，以江苏省创新系统为主要研究对象，进行了实证分析，得出以下结论：（1）将区域创新系统划分为科技成果转化与效益转化两个阶段，有助于打开区域创新系统运作的“黑箱”，按其实际运行状况梳理为一个线性的过程，进而研究区域创新效率。得到的分阶段效率值，一方面可以比原始方法提供更丰富的管理信息，另一方面也有利于对系统内部协调度、子系统影响因素进行测算。（2）因子分析与数据包络分析复合评价方法，可以客观的提炼指标信息，能有效解决随着指标数量增加造成的效率普遍趋近于1，以及有效DMU间无法比较的情况。与经典DEA方法相比扩展了其应用范围。（3）对包括江苏省在内的我国29个省、市及地区的区域创新效率进行测算、比较与评价，得出江苏省区域创新系统的效益转化效率要优于科技成果转化效率，且子系统协调度较高。政府支持因素对两阶段效率都有负影响，而金融环境存在正向影响。基础设施的完备程度对科技成果转化效率有正影响，劳动力素质因素则有负向影响。在效益转化阶段，基础设施影响不显著，劳动力素质存在正影响。